Час пробил. Беккет мертв. Альма вот-вот родит. Но кошмары, связанные с Харлайном Уэйдом всё ещё преследуют братьев. Вместе они в идут в особняк, в котором выросли, чтобы покончить с воспоминаниями о кошмарном детстве. Но сделать это оказывается непросто. Первичный оказался призрачным воплощением Уэйда. Оперативник, попутно отбиваясь от монстра, по кускам уничтожает свои воспоминания, и вскоре Оперативник и Феттел сталкиваются с этим демоном лицом к лицу. С яростными воплями «Вы могли бы стать богами, но стали монстрами», Уэйд пытается убить братьев, но новые крики Альмы постоянно мешают ему. В конце концов Оперативник убивает его, и перед тем, как умереть Первичный показывает свое истинное лицо, которое оказывается лицом Уэйда. Далее видно, что Уэйд идет по руинам воспоминаний и, с сожалением повторив свои слова про монстров, исчезает.

Братья воссоединяются с матерью. Теперь вопрос в том, кого выберет Альма в качестве любимчика. Оперативник и Феттел ожидают, сидя на кроватях, в комнате, где они выросли. Феттел, услышав крики Альмы, говорит, что пора идти. Оперативник идёт за ним и видит рожающую Альму. Феттел говорит ему, что они должны поглотить тело, дабы впитать силу и получить бессмертие, на что получил отказ — Оперативник направляет пистолет на беременный живот. Феттел пытается образумить его, говорит, что семья - это главное, и приказы Ф.Е.А.Р. выполнять бессмысленно. Но Оперативник, как и раньше, не слушает его.

• Истинная концовка: Победа Оперативника - Феттел в ярости из-за того, что брат хочет убить младенца, нападает на него, но Оперативник успевает выстрелить ему в голову (в то место, куда он выстрелил ранее), и Феттел растворяется в воздухе со словами «До этого можно было не доводить, брат. Мы могли бы стать богами». Далее Оперативник подходит к Альме, наставив на нее пистолет, но тут же слышит крик младенца. Взяв его на руки, он видит, как Альма исчезает. После этого Оперативник, прижав младенца к груди, уходит. На связь выходит Джин Сун-Квон и сообщает, что Оперативник всех спас.
• Альтернативная концовка: Триумф Феттела - Феттел нападает на брата и вселяется в него, поглощая его личность и сознание и становясь с ним навечно одним целым существом. Через некоторое время он просыпается со словами «До этого можно было не доводить, брат». Далее он подходит к Альме, достаёт из ее чрева младенца, и говорит, что она может не бояться, так как он давно это планировал, и ребенок может послужить ему. Однако осталось лишь забрать то, что есть у матери, и, издав звериный рык, Феттел набрасывается на Альму, яростно разрывая её тело на куски, и съедает её.

После титров следуют воспоминания о том, как Оперативника и Феттела разделили в детстве и как Феттел в ярости убил нескольких охранников. Оставшись один, он начал сходить с ума, но «синхронизация» с Альмой вернула ему цель. Феттел произносит: «Они все заслужили смерти!» и игра на этом заканчивается...

Уровни

Всего в игре представлено 8 глав:

1. Тюрьма (англ. Prison)

1. Магазин (англ. Shop)

1. Башня (англ. Tower)

1. Порт (англ. Port)

Оружие

В F.E.A.R. 3 практически повторяются оружия из предыдущих частей, с небольшими изменениями: