По просьбе Свита Карл отправляется на соревнования лоурайдеров, в которых участвует мексиканский бойфренд Кендл. После того, как Си-Джей побеждает в соревновании, он встречается с Цезарем Виалпандо, который предлагает ему свою дружбу. Именно Цезарь впоследствии открывает Карлу глаза на предательство его старых друзей Биг Смоука и Райдера, связавшихся с коррумпированным C.R.A.S.H. и бандой своих заклятых врагов Ballas.

В тот день, когда Карл узнает об измене, банда Orange Grove Street во главе со Свитом совершает очередное нападение на Ballas. Чтобы предупредить брата, Си-Джей мчится через весь город на место перестрелки и обнаруживает Свита раненым. Карл вступает в неравный бой с многочисленной бандой гангстеров Ballas, зная, что с минуты на минуту к месту разборок должна прибыть полиция. В тот момент, когда бандитов окружают полицейские, члены банд убегают, а Карл остается с раненым братом. Их арестовывают.

Свита помещают в тюремный госпиталь, а Си-Джей остается на свободе, с условием, что он будет продолжать работать на Тенпенни и Пуласки. Его увозят в деревню, подальше от Ballas и Биг Смоука, где он выполняет поручения Тенпенни, знакомится с Праведником, белым хиппи, у которого Тенпенни покупает наркотики, участвует в гонках, организованных представителем китайских Триад Ву Зи Му (Вузи), встречается с кузиной Цезаря, Каталиной, психически нездоровой особой, с которой он совершает несколько ограблений, причем за короткое время их знакомства Каталина успевает влюбиться в Карла, изнасиловать его и порвать с ним, уехав в Либерти-Сити с гонщиком Клодом в конце миссии «Прощай, любовь моя».

В этой же миссии Си-Джей выигрывает в гонке с Клодом и получает в качестве приза гараж в Сан-Фиерро. Только приехав на место, Карл понимает, что его обманули - гараж оказывается заброшен, набит рухлядью и мусором, и только вмешательство Кендл не позволяет Си-Джею отказаться от него. При помощи Праведника Карлу удается собрать команду для работы в гараже, в дальнейшем он вместе с Цезарем также занимается угоном автомобилей.

В Сан-Фиерро, как и в Лос-Сантосе, присутствуют банды — это китайские Триады и враждующие с ними вьетнамские группировки, а также латиноамериканцы San Fierro Rifas.

Во время своего пребывания в Сан-Фиерро Карл помогает своему новому другу Ву Зи Му в войне с вьетнамскими бандами и противостоит преступному синдикату Локо, в котором участвует его бывший кореш Райдер. Постепенно Си-Джей входит в доверие к одному из членов синдиката, сутенеру Джиззи Би, затем через него выходит на других членов — Ти-Боуна Мендеса и его партнера, Майка Торено — тайного агента военной контрразведки, который маскируется под торговца наркотиками для синдиката. Сначала Си-Джей устраняет Джиззи, затем при помощи Цезаря и китайских Триад, возглавляемых Вузи, срывает встречу синдиката Локо с картелем Биг Смоука, убивает Райдера, Мендеса и сбивает вертолет с Торено на борту. Предполагается, что Майк Торено мертв, однако впоследствии он вновь появляется, уже не как наркоторговец, а как правительственный агент, на которого Карл работает, чтобы освободить своего брата.

Затем по сюжету игры Карл попадает в Лас-Вентурас, город развлечений, списанный с Лас-Вегаса. Получив долю в казино Ву Зи Му «Четыре Дракона», Си-Джей помогает Триадам разобраться с итальянской мафией, организует и осуществляет ограбление конкурирующего казино «Калигула».