Геймплей

Механически геймплей остался таким же, как и в предыдущих играх Metal Slug. Новое, что появилось в Metal Slug 3 — это выбор пути прохождения миссии; в большинстве миссий существует несколько вариантов прохождения, каждый путь по своему сложный и длинный, на каждом из них встречается разное количество пленников, но все они ведут к одному и тому же боссу.

Как и в Metal Slug 2/Metal Slug X игрок мог превратиться в мумию, так и в данной части главный персонаж может иметь следующие перевоплощения:

• Когда на игрока попадает инфекционная жидкость он превращается в зомби. Зомбифицированный персонаж имеет ряд преимуществ: в качестве гранат он использует струю красного цвета, которая уничтожает все, что находится на пути перед ней; также главный герой устойчив против любых нападений солдатов (кроме зомбифицированых солдатов). Но будучи зомби игрок не может присесть, использовать какое-либо оружие кроме пистолета, а также сесть в какой-либо транспорт.
• Под водой игрок оборудован подводным скафандром. В качестве бомб используются тяжелые шайбы.
• В воздухе (а также в космосе) игрок, потеряв воздушное/космическое транспортное средство, использует реактивный ранец для передвижения. Вместо гранат используются ракеты реагирующие на тепло.

Помимо перевоплощений, в Metal Slug 3 было добавлено немалое количество новых транспортных средств:

• Бурильщик (Slug Driller) можно использовать на одном из пути прохождения 4-й миссии. Он может изменять высоту, подымая и опуская кабину, тем самым становится недосягаемым для врагов. Как тяжелое оружие он использует мощное сверло, моментально убивая противника.
• Подводная лодка (Slug Mariner) дает некоторую огневую мощь по водой, в качестве бомб используются тяжелые шайбы, которые при выпуске движутся ко дну.
• Слон (Elephant Slug) неуклюжий, стянутый ремнем с шестиствольным пулеметом, также может стрелять из хобота; при взятии перца чили он стреляет шарами пламени, а при взятии батареи — лазером.
• Страус (Ostrich Slug) далеко прыгает, снабжен шестиствольный пулеметом.
• Вертолет (Slug Copter) появляется наряду с самолетом на воздушной площадке в финальной миссии. Он снабжен шестиствольным пулеметом (который может стрелять во все стороны в отличие от самолета) и ракетами воздух-воздух с автоматической наводкой.
• Космическая субмарина (Astro Slug) появляется в финальной миссии, после того, как армия Мордена и главный игрок заключили союз. Может использовать пехотное оружие как дополнительное к исходному. Как тяжелую артиллерию использует заряды прямой наводки.
• Боевой броненосец (lv Rebel Armor) транспортное средство, которое можно захватить убив пилота. Изначально стреляет тяжелым пулеметом, но может быть заменён любым другим ручным оружием. В ближнем бою использует коготь, имеет гранатомет и может прыгать выше любого другого транспортного средства.

Особенности консолей

Консоли компании SNK Playmore имеют две мини-игры «Storming the UFO Mothership» и «Fat Island», которые становятся доступными после прохождения основной сюжетной линии игры.

«Storming the UFO Mothership»

В данной мини-игре игроку позволяется управлять одному из рядовых генерала Мордена, который спасает своих солдат и уничтожает вражеские силы НЛО. Игрок может выбирать между солдатом со щитом, солдатом метающим гранаты и солдатом с базукой. Игроку дается только одна жизнь. В этой мини-игре нельзя играть вдвоем.

«Fat Island»

Два игрока соперничают в наборе веса. За ограниченное количество времени игроки съедают различные виды продовольствия, начиная набирать вес от 100 до 200 кг. Если игроки потеряют достаточно веса они вернутся к нормальному размеру и попадут в комнату с мумиями.