При полете, игрок может быть атакован одним или несколькими врагами. Вероятность нападения обозначается в цветной шкале опасности в интерфейсе пользователя. В игре используются традиционная система случайных встреч.

В одном моменте истории игры дракон Эджа заменяется на транспортное средство, похожее на судно на воздушной подушке, именуемое как Флоатер (Floater). Хотя оно не имеет собственной силы полета, Флоатер выполняет такие же функции, как и обычный дракон, за исключением способностей берсерков и «Лазерного ранга».

Боевая система

По сравнению со другими компьютерными ролевыми игры, такими как Final Fantasy, Panzer Dragoon Saga имеет кинематографическую боевую систему, используя драматические, широкие углы камеры и сложную анимацию для драматизации сражений. Большая часть боёв происходит в воздухе, чем на земле, и основана на традиционной пошаговой системе, хотя маневрирование происходит в режиме реального времени. Как и в большинстве ролевых игр, игрок может атаковать, используя предметы или заклинания, названные как берсерки (Berserks).

Игрок может столкнуться с несколькими противниками одновременно или большим количеством врагов. У героя есть возможность окружить противника и атаковать его с разных сторон, что позволяет дракону атаковать в конкретные слабые точки, которые могут находиться в различных частях. Похожими недостатками дракона могут воспользоваться и сами враги. Местонахождение противников в районах определят радар, находящиеся в части интерфейса пользователя. Они могут быть безопасными, нейтральными, опасными, или недоступными. География безопасных районов может изменяться. Таким образом, игрок должен часто опираться на стратегические преимущества и устранять недостатки в действиях своего героя.

Боевая система использует три датчика действия (action gauges), которые уменьшаются после каждого хода. Сам ход представляет собой обычную атаку, атаку заклинаниями-берсерками или предметом. Основной атакой является стрельба из оружия Эджа или лазера дракона. Для каждой такой атаки расходуется один датчик, а при атаке берсерками — от одного до трёх датчиков. Датчики пополняются в режиме реального времени; скорость пополнения может быть разной. Существует возможность использования всех трёх датчиков для нанесения большого урона противнику.

С помощью датчиков игрок может использовать две формы основной атаки: самонаводящийся лазер дракона или собственное оружие героя. В первом случае, дракон направляет на врага поток лазеров, атакуя несколько целей, независимо от действия игрока (однако дракон может направить лазер один раз в случае меньшего количества целей). Оружие Эджа используется для нанесения повреждения по определённой цели. В отличие от лазерных атак, оружие может подвергаться модификации с целью увеличивает урона выстрелов.

Есть также специальные движения, называемые берсерками, которые сопоставимы с магическими заклинаниями в других ролевых играх. Каждое использование берсерков стоит очков магии, которые могут рассматриваться как традиционная мана. В отличие от датчиков действия, берсерки не перезаряжаются по собственному желанию (если только дракон не эволюционировал в форму, которая позволяет регенерировать берсерки). Они пополняются за счет улучшения и отдыха героя. Некоторые берсерки скрыты в определенных районах.

В конце битвы, игрок получает ранг. Чем лучше ранг, тем больше очков опыта игрок получает, а дракон может повысить уровень и научиться новым методам боя или даже эволюционировать в другой тип дракона. Эти эволюции является одним из элементов сюжета, которые происходят после битвы важного босса.