Несколько месяцев спустя Блазкович опять отправляется на задание. Его миссия — помешать немецкому злому гению, оберфюреру СС Вильгельму Штрассе по прозвищу «Мёртвая Голова», нанести по Лондону химический удар с помощью ракеты «Фау-2». Спрятавшись в грузовике снабжения, он проникает на скрытую в бункере ракетную базу и выводит из строя ракету. При отходе он уничтожает огромный радар и наконец благополучно возвращается на занятую союзниками Мальту, угнав экспериментальный реактивный самолёт «Кобра», развивающий скорость до 500 узлов.

Следующая миссия героя проходит в немецком городке Кугельштадт, в котором, по слухам, разрабатывается какое-то сверхскорострельное смертельное оружие. Кугельштадт подвергается бомбардировке союзной авиации, а вскоре Блазкович и отряд Сопротивления на трофейном танке, прикрывая друг друга, прорываются к фабрике, по пути помогая отряду из «Крейсау» спасти дезертировавшего с фабрики учёного. Танк пробивает дверь, и агент проникает на практически разрушенную фабрику, где умудряется обнаружить документацию к многоствольному пулемёту Venom. Затем он попадает в комплекс секретного оружия, где находит работающий образец пулемёта, знакомится с Прыгунами и в конце концов видит, как оберфюрер уплывает на подлодке. Куда — Блазкович узнаёт, допросив пленного немецкого офицера.

Тем временем спасённый учёный рассказывает о проекте с коротким и ясным названием — «Übersoldat» («Супер-Солдат»), который Мёртвая Голова ведёт в своих Х-лабораториях. Блазкович высаживается в Норвегии и с боем прокладывает путь к логову Вильгельма Штрассе. Последний, узнав об этом, приказывает разобраться с незваным гостем. Для этого учёные выпускают на свободу все «образцы» — Прыгунов и Протосолдат, и те устраивают на базе погром в лучших традициях фильма ужасов. Несмотря на это, агент не только проходит на нижний уровень, но и уносит с собой «книгу проектов». Внизу Блазкович попадает в ловушку к Мёртвой Голове, который «вежливо» знакомит его с прототипом проекта «Супер-Солдат» — огромным киборгом в броне, которой позавидовал бы танк. Когда «подопытное животное» каким-то чудом всё же побеждает эту машину смерти, злодей скрывается на самолёте «Кобра».

Из книги проектов выясняется, что все прошлые миссии агента были связаны, и цель деятельности Паранормальной дивизии СС — воскресить короля Саксонии Генриха I, для чего приглашена медиум Марианна Блаватская. Блазкович, проникнув в городок рядом с раскопками, уничтожает верхушку дивизии, но не успевает остановить ритуал посвящения Супер-Солдат в Тёмные Рыцари — на его долю выпадает только драка с двумя оставшимися Супер-Солдатами.

Проход к месту главного ритуала закрыт, и агенту приходится пройти через древнюю полуразрушенную часть замка Вольфенштайн. Рядом с замком Блаватская проводит ритуал, и, принеся Тёмных Рыцарей в жертву, пробуждает Генриха, который «в благодарность» превращает её в колдунью-зомби. Как раз в этот момент на каменную арену врывается Блазкович и вступает в последний бой… Преимущество оружия ХХ века над магией Х века очевидно — после долгой схватки Генрих издает протяжный вопль и окончательно отправляется на тот свет, прихватив с собой всех своих зомби, все магические силы замка и планы Генриха Гиммлера по завоеванию мира.

Враги

Немецкая армия. Составляют основную массу врагов в игре. Довольно умны (могут прятаться, отбрасывать гранату, убегать от динамита). Почти все имеют примерно одинаковое количество здоровья.