Группа повстанцев под названием «Освободительный фронт Копрулу» (Koprulu Liberation Front) стремится положить конец действиям Менгска и власти Доминиона терранов.

Нова решается отправиться в рискованное путешествие, чтобы раскрыть страшную правду, скрывающуюся за проектом «Призрачное лезвие» — этот заговор заставит её задуматься над тем, на чьей стороне она находится, будучи втянутой в борьбу между Доминионом терранов и мятежным Освободительным фронтом Копрулу. В течение всей истории она посетит планеты: Мар Сара, Ash 'Arak, Абаддон и Виктор 5 (последняя введена в рассказе «StarCraft: Uprising»).

Тем временем, Арктур Менгск при помощи своей потрёпанной армии, усиленной роботами и технологией протоссов, с успехом возвращает под свой контроль несколько планет терранов. Артанис пытается объединить два общества протоссов, находящихся на Шакурасе, но многие тёмные тамплиеры недовольны присутствием других протоссов на своей планете. Заражённая Керриган продолжает наращивать войска на планете Чар, но пока не выступает ни против терранов, ни против протоссов.

Новые и изменённые юниты

Некоторые новые юниты, которые были запланированы, но не попали в оригинальную версию StarCraft:

• Гризли терранов (Terran Grizzly) — истребитель-бомбардировщик терранов, кроме своего экипажа из двух человек, может перевозить трёх пассажиров. Пилот стреляет из лёгкой пушки (Light gun), в то время как остальные члены экипажа и пассажиры могут стрелять из ракетной установки (Missile Turret), двух зенитных пушек (Flak cannons) и сбрасывать кассетные бомбы (Concussion bombs).
• Стингер терранов (Terran Stinger) — шестиколёсный джип терранов, который занимает промежуточное место между стервятником (Terran Vulture) и осадным танком (Terran Siege Tank). Вмещает экипаж из двух человек и оснащён тяжёлой пушкой (Heavy Assault cannon). Впервые этого юнита можно было увидеть в видеоролике первой StarCraft, в котором экипаж джипа попадает в засаду протоссов.
• Лёгкая пехота терранов (Terran Light Infantry) — охранники из службы безопасности, которые находятся в различных расположениях терранов, они экипированы бронёй, более лёгкой, чем у пехотинцев. Они носят демаскирующее устройство, чтобы не пропускать лазутчиков, и могут иметь при себе дробовик «Торрент СР 8» (Torrent SR 8 Shotgun; их основное оружие), пистолеты-ракетницы (Flak pistols) и пулемёты (Chain gunsref-en). В то же время, они могут использовать винтовку Си-14 «Импалер», хотя она и не входит в их стандартную экипировку. Кроме того, лёгкие пехотинцы могут создавать и ремонтировать автоматизированные защитные (automated defense) турели (Turrets) и малые пулемёты (Small chain guns), которые обладают большей убойной силой, чем собственные слабые атаки лёгких пехотинцев. Также они могут устанавливать пулемёты и на машины.
• Фантом терранов (Terran Spectre) — результат генетических экспериментов, проведённых над призраками с использованием газа Терразин, об этих солдатах почти ничего не известно.
• Защитник протоссов (Protoss Vindicator) — прежде известный как очиститель (The Purifier), об этом юните известно немного. Кажется, он носит в своей руке большую «грозовую пушку» («Lightning gun»). Не похоже, что защитник может двигаться при стрельбе из упомянутого оружия.

Кроме этого, были запланированы для изменения несколько юнитов из оригинальной StarCraft, чтобы несколько улучшить реализацию многопользовательской версии StarCraft: Ghost.