Во время совместных тренировок Сима и Кота влюбляются друг в друга и начинают встречаться, поэтому по окончании «Великой Миссии» вместе отправляются отдыхать на Землю. Как бы то ни было, в тот же день их срочно вызывают обратно в космос: что-то неладное творится на самой отдалённой от планеты Основе — «Ультиме», — и объединённое правительство Земли опасается, что теперь, когда глобальная угроза человечеству исчезла, одна из Основ решила начать войну (явление, о котором не слыхали почти два столетия) с помощью разработанных для «Миссии» технологий. Позднее выясняется, что все обитатели «Ультимы» были эвакуированы в связи с появлением космических аппаратов неведомых агрессоров, взломавших электронные системы станции, однако несколько учёных остались внутри. Для их спасения создаётся «боевой отряд», в которых входят и Сима с Котой.

Достигнув «Ультимы», силы «Стеллвии» вступают в бой с агрессорами, несут серьёзные потери, но к станции не пробиваются. Когда становится ясно, что им противостоят не люди, а инопланетяне, запертых учёных неожиданно выпускают, а пустая станция исчезает на глазах ошеломлённых людей вместе с пришельцами. Оказывается, что учёные «Ультимы» всё это время вели наблюдение за явлением, названным ими «космическим разрывом» («cosmic fracture»), которое уничтожило Бету Гидры и теперь движется к Солнцу. Саму Основу пришельцы, как выясняется, забросили прямо в «разрыв», уменьшив его скорость в 35 раз и выиграв людям свыше сотни суток, чтобы принять необходимые меры. На Земле немедленно начинается подготовка к «Миссии Генезиса», нацеленной на ликвидацию «разрыва».

Кота и Сима вновь оказываются в составе миссии и, переборов свои страхи и неуверенность в собственных силах, успешно овладевают пилотированием «Инфинити» и «Алкионы» (нового меха Симы, названного в честь героини древнегреческих мифов). Когда «космический разрыв» достигает Солнечной системы, в него одна за другой посылаются оставшиеся Основы, чтобы замедлить его продвижение и разрушить его структуру точечным энергетическим ударом, направляемым Котой и Симой. Благодаря помощи всех обитателей «Стеллвии», «разрыв» удаётся уничтожить, но лишь пожертвовав самой Основой. В последних кадрах сериала, через два года после завершения «Миссии Генезиса», Сима и её друзья, уже старшеклассники заново отстроенной «Стеллвии», приветствуют новых первокурсников, среди которых находится младший брат Симы и сестра Алисы Гленнорс.

Персонажи

Первокурсники

• 片瀬志麻, прозванная Алисой си:пон, — главная героиня сериала, от лица которой в большинстве случаев ведётся повествование. В космос её привело, по её словам, желание «видеть звёзды перед собой, а не над головой», поэтому, несмотря на откровенное отсутствие талантов в пилотировании космических аппаратов, Сима до самого конца не меняет свой профиль обучения (как, например, Алиса). Помогают ей в этом её способности в другой сфере деятельности — программировании, — граничащие с гением: так, например, будучи не в состоянии вручную провести свою машину сквозь скопление астероидов, Сима за считанные минуты создаёт программу, в реальном времени рассчитывающую положение всех физических объектов в округе. В начале своего обучения на «Стеллвии» Сима очень болезненно относится к любым неудачам, однако позднее учится признавать собственные ошибки. Благодаря своим талантам, она получает приглашение пилотировать «Инфинити» вместе с Котой, с которым она к тому моменту встречается и в личной жизни.