Арамова вмешивается в их встречу и преследует Грегорова. Возникает перестрелка. Потом выясняется, что это был всего лишь самозванец, работавший на Мару и пытавшийся найти недостающую часть данных. Он сознаётся, что настоящий Грегоров находится в русской тюрьме АЛЖИР, в которой когда-то держали Лиан. Грегоров раскрыл крота, который хотел продать вирус Ши Хао, поэтому вмешалась Арамова. Лиан отправляется в тюрьму, чтобы остановить казнь Григорова, но слабеет от вируса. Гейб забирает её обратно в штаты, в то время как Григоров обещает разделаться с Ши Хао.

Гейб и Тереза возвращаются в безопасное место в Вирджинии к Лоуренсу Муджари — внештатному патологу. Они решают обменять недостающую часть данных ФарКом на вакцину для Лиан. В лаборатории Агентства в Нью-Йорке Гейб попадает в ловушку Стивенса, но ему удаётся сбежать и заставить доктора Вайсингер дать ему вакцину для лечения Лиан, так же Гейб встречает Ченса, выжившего после миссии в Колорадо и освобождает его.

Совершив фантастический побег из лабораторий и выбравшись на поверхность, Гейб поспешил назад к вертолёту, но провалился в канализацию из-за того, что Стивенс и несколько оперативников Агентства уничтожили часть улиц. К счастью, Гейбу и Терезе удалось прижать Стивенса и хладнокровно его убить.

Они пробрались к вертолёту и встретили там Ченса в непробиваемой броне. Ченс стреляет в Терезу. Всё это время он работал на Агентство. Гейб догадывался об этом с тех пор, как Агентство вычислило его в горах в Колорадо. Завязывается перестрелка, и Гейб отдачей дробовика заталкивает Ченса под винты вертолёта, где он благополучно погибает. Тем не менее Тереза погибла...

Репортаж новостей повествует о том, что существование Агентства теперь рассекречено и государственный секретарь США Винсент Хэдден обещает, что государство займётся расследованием. Гейб лечит Лиан, и они хоронят Терезу. Он, Лиан и Лоуренс стоят у могилы и обещают бороться, в то время как за ними наблюдают солдаты. Хэдден и Арамова сходят с вертолета, и она говорит, что Администрация вскоре позволит Хэддену стать президентом. Он мог покончить с этим здесь и сейчас, но у Хэддена другие планы на счёт Гейба.

Персонажи

Габриэль Логан (Gabriel Logan) — тайный оперативник.

Один из главных оперативников Агентства, теперь преследуется членами своей собственной организации. Предотвратил кошмарную катастрофу (события игры Syphon Filter), своевременно уничтожив ядерную ракету, нацеленную на Казахстан. Преследовал людей, ответственных за создание вируса Syphon Filter, объявлен террористом сотрудниками Агентства.

Обучение:

• 1993 — настоящее время: Оперативник Агентства.
• 1987—1992: Спец-оперативник армии США.
• 1991: Война в Персидском заливе.
• 1991: Президентская почесть.
• 1989: Награждён Серебряной Звездой.
• 1987: Второй лейтенант по поручению, армия США.

Лиан Синг (Lian Xing) — специальный экс-оперативник Агентства.

Сотрудник Агентства по коммуникациям. Партнёр Габриэля Логана. Первоначально была агентом китайской службы Chinese MSS, затем завербована в Агентство, получила новые документы, американское гражданство, а также фальшивую биографию. Совсем недавно заразилась вирусом Syphon Filter. В настоящий момент похищена сотрудниками Агентства, и над ней проводятся эксперименты. Объявлена террористом сотрудниками Агентства, чтобы прикрыть свои преступления.