В этом году Бакетхэд выпустил свой первый DVD Secret Recipe, который продавался только в туре. Единственным местом, где его могли достать фанаты, не ходившие на концерт либо живущие за границей, были интернет-аукционы, например, eBay. Впоследствии, Трэвис Дикерсон провел розыгрыш копий DVD на своём сайте. Желающие «выиграть» копию должны были оставить на сайте свои имена и адреса электронной почты. Когда регистрация была закончена, Трэвис выбрал случайным образом имена 200 счастливчиков, которым разрешалось купить копию DVD через вебсайт. Только в марте 2006 года DVD стал доступен широкой аудитории.

Бакетхэд выпустил новые альбомы со своими группами: Cornbugs выпустили два сборника Rest Home for Robots и Skeleton Farm; c группой Deli Creeps он выпустил их первый и единственный альбом — Dawn of the Deli Creeps. В составе проекта Gorgone Бакетхэд выпустил одноименный альбом, записанной на одной из сессий во время записи альбома Population Override, вышедший в 2004 году. Гитарист выпустил альбом с Вигго Мортенсеном — Intelligence Failure, а в состве группы Praxis концертный альбом Zurich.

Хитом 2006 г. стала консольная видеоигра Guitar Hero II, в которую вошла песня гитариста «Jordan» в качестве бонус-трека. Хотя песня часто исполнялась на концертах и ранее, версия, доступная в видеоигре — единственная её студийная запись. Концертная версия почти всегда состоит только из куплета и припева «Jordan», а затем переходит в другую песню, обычно «Post Office Buddy», а затем вновь возвращается к куплету и припеву «Jordan». Версия песни в Guitar Hero II содержит гитарное соло, которое было написано специально для игры. Начиная с конца 2007 года Бакетхэд начал исполнять версию «Jordan» из Guitar Hero на своих концертах, включая соло.

В этом году Buckethead выпустил два DVD: Young Buckethead Vol. 1 и Young Buckethead Vol. 2. Они содержали редкие материалы 1990—1991 гг. На DVD были представлены три полных концерта Deli Creeps, саундчек, закулисные съемки и «сольный» материал музыканта. Помимо этого, он выпускает альбомы The Elephant Man’s Alarm Clock и Crime Slunk Scene. Оба вначале продавались только на гастролях, но позже стали доступны на TDRS Music. Последний содержит песню «Soothsayer (Dedicated to Aunt Suzie)», которая наряду с «Jordan» и «Nottingham Lace» является одной из его самых популярных песен и часто исполняется на концертах.

Затем был выпущен последний сборник группы Cornbugs, Celebrity Psychos. Кроме этого, гитарист записал альбом с клавишником, продюсером и главой лейбла TDRS Music, Трэвисом Дикерсоном, под названием Chicken Noodles. Песня «Cruel Reality of Nature» с альбома Population Override вдохновила музыкантов на запись этой работы. Как и предполагалось, был выпущен второй альбом группы Thanatopsis — Anatomize.

2007—2008: Продолжение сольной работы

В 2007 г. Бакетхэд выпускает беспрецедентное количество нового материала. В феврале был выпущен бокс-сет из 13 дисков In Search of The. Каждый диск был вручную оформлен и пронумерован Бакетхэдом. Бокс-сет содержит более 9 часов музыки в стиле авангард. Обычный сольный альбом — Pepper’s Ghost был выпущен в марте.

Диск акустических импровизаций Acoustic Shards стал двадцатой работой, выпущенной Бакетхэдом. В середине года была издана демозапись Bucketheadland Blueprints с двумя вариантами обложки: один был нарисован Бакетхэдом, второй вариант — оригинальная обложка альбома. В октябре были выпущены два последних альбома 2007 года Decoding the Tomb of Bansheebot и Cyborg Slunks. Последний вновь вышел в качестве вручную оформленного лимитированного издания и спустя несколько недель был издан в виде обычного компакт-диска.