В начале сентября Берни Топин доработал стихи песни Candle In The Wind для специальной церемонии, посвященной смерти Дианы, и Элтон Джон спел её во время погребальной церемонии в Вестминстерском аббатстве. Запись этой песни стала самым быстро и хорошо продаваемым синглом в истории поп-музыки. Общие продажи только на территории Великобритании достигли 5 миллионов копий, в США — 11 миллионов, а всего мировые продажи составили около 37 миллионов копий. Прибыли от продаж этого диска, которые составили примерно £55 миллионов, были направлены в Мемориальный фонд Принцессы Дианы. Впоследствии певец получил с этой песней премию Грэмми в номинации «Лучшее мужское поп-исполнение». Он никогда больше не исполнял этот вариант песни, неоднократно подчеркивая, что эта песня может быть исполнена только один раз, чтобы оставаться особенной.

В 1998 году выходит диск с записью музыки к мюзиклу Аида (Elaborate Lives: The Legend of Aida), над которым Элтон Джон работал встесте с Тимом Райсом. Первое сценическое представление этот мюзикл имел в Атланте, позднее представления прошли в Чикаго и на Бродвее в Нью-Йорке.

2000-е годы

Первое десятилетие XXI-го века было отмечено для Элтона Джона многочисленными совместными работами с другими артистами и деятелями современной поп-культуры. В 2000 Элтон Джон и Тим Райс объединились снова, для работы над музыкой к новому анимированному фильму «Дорога на Эльдорадо». В этом году выходит диск с записью его концерта Elton John One Night Only – The Greatest Hits, который прошёл за год до этого в концертном зале Мэдисон-Сквер-Гарден в Нью-Йорке.

В 2001 году Элтон Джон сделал заявление, что Songs From The West Coast станет его последним студийным альбомом, и что с этого момента он будет сконцентрирован только на живых представлениях. Однако в 2004 году вышел его очередной студийный альбом — Peachtree Road.

В 2001 году, Элтон Джон получил приглашение принять участие в телешоу компании BBC под названием Have I Got News For You. Вначале он дал свое согласие, однако в последний момент передумал и отказался от участия в программе. Это произошло всего за несколько часов до её выхода в эфир, и продюсеры были вынуждены пригласить Рэя Джонсона, водителя такси из Голчестера, который иногда выступал в качестве двойника Элтона Джона. Во время программы он практически не произнёс ни слова, однако, когда программа пошла в эфир спустя 24 часа, его имя присутствовало в титрах, а имя Элтона Джона было оттуда убрано. В этом же году был снят фильм, который рассказывал о карьере певца с момента его появления на сцене до начала 2000-х годов. Фильм назывался The Elton John Story и прошёл на канале VH-1 Classic, однако он так и не был выпущен отдельным диском или кассетой.

В 2001 году Элтон Джон исполнил дуэтом с Эминемом его песню Stan на церемонии вручения премии Грэмми. В этом же году он исполнил песню Friends для фильма The Country Bears, а также исполнил в этом фильме одну из эпизодических ролей.

В 2002 году британская группа Blue выпустила свою интерпретацию песни Элтона Джона Sorry Seems To Be The Hardest Word, в записи которой сам певец также принял участие. Эта песня заняла первую позицию в британских хит-парадах, а также в некоторых других европейских странах. Кроме того, Элтон Джон стал причастен к успеху Тупака Шакура, который использовал отрывок из песни Элтона Джона «Indian Sunset», из альбома Madman Across The Water в «Ghetto Gospel» — сингле, возглавившем американские чарты. Песня «Indian Sunset» впоследствии вошла в сингл Элтона Джона Electricity, материал которого певец написал в 2005 году для постановки Billy Elliot The Musical. Маркетинговый план нового сингла был организован очень необычно и эффективно. Более 75 % продаж составили загрузки через Интернет, после того как пользователи получали доступ, приняв участие в викторине и ответив на вопросы с помощью текстовых сообщений, посланных с сотового телефона. «Electricity» до сих пор остаётся одним из самых успешных соло-синглов Элтона Джона на протяжении 2000-х годов.