Осенью 2005 группа едет в тур по Северной Америке вместе с Queens of the Stone Age, Autolux и Death From Above 1979. Nine Inch Nails выступили вместе с хип-хоп исполнителем Солом Уильямсом на одной сцене на фестивале Voodoo Experience в пострадавшем от урагана Новом Орлеане, бывшем доме Трента, в качестве хэдлайнеров. В заключении тура «Live: With Teeth» Трент и группа сделала ряд выступлений в Североамериканских амфитеатрах вместе с Bauhaus, TV on the Radio и Peaches. В феврале 2007 года Nine Inch Nails выпустили концертное видео Beside You In Time в трёх форматах: DVD, HD DVD и Blu-ray. Релиз домашнего видео дебютировал под номером один в чарте Billboard Top Music Videos и Billboard Comprehensive Music Videos в США.

Year Zero (2007—2008)

Пятый студийный альбом, Year Zero, вышел всего лишь через два года после выхода предыдущего, With Teeth. На то время это был самый короткий промежуток между альбомами. Резнор преподносит Year Zero как концептуальный альбом критикуя политику правительства США и показывая возможные последствия такой политики через 15 лет.

Чтобы передать историю событий, сюжет и атмосферу будущего, была создана игра в альтернативной реальности. Подсказки, спрятанные на одежде с символикой группы, вели к открытию целой сети из фиктивных интернет-страниц будущего. Перед выходом «Year Zero», на концертах Nine Inch Nails, поклонники находили спрятанные флэшки с песнями из нового альбома. Игра привлекла внимание американских СМИ к фан-сайтам и форумам, где поклонники обменивались информацией.

Для первого сингла с альбома, «Survivalism», и для других песен с Year Zero были выложены исходники, чтобы поклонники могли ремикшировать треки. Релиз второго сингла, «Capital G», повлёк за собой негативную реакцию Резнора, который расценивал это как очередное выжимание денег из поклонников. Сингл «Capital G» вышел только на виниле и не получил маркировки «Halo». Также Резнор был возмущен ценой на Year Zero в Австралии. После этого он призывает фанатов красть его музыку, что послужит толчком бесплатного распространения его музыки в будущем. Альбом ремиксов Year Zero Remixed стал последним релизом группы для Interscope Records, поскольку были выполнены все условия контракта. Резнор не стал обновлять контракт, став независимым артистом.

После правовых разбирательств с лейблом, Резнор все же запускает сайт ремиксов remix.nin.com, где желающие могут скачать исходники песен и загрузить свои собственные ремиксы, сделанные с помощью музыкального программного обеспечения. На сайте также предоставлены редкие композиции, которые не были включены ни в один коммерческий релиз, либо более не доступны в продаже.

Ghosts I–IV и The Slip (2008—2009)

В начале марта 2008 года Nine Inch Nails выпускают Halo 26 — Ghosts I–IV, альбом из 36 инструментальных треков. Ghosts I–IV стал продолжением эксперимента Резнора с распространением музыки по Интернету. Альбом был доступен в нескольких изданиях: бесплатная загрузка песен из Интернета первого тома Ghosts I в формате MP3 с битрейтом 320 кбит/с, 5 долларов за загрузку альбома полностью из Интернета в lossless-формате и/или MP3 320 кбит/с, 10 долларов за двухдисковое издание, 75 долларов за «Deluxe Edition» и 300 долларов за «Ultra-Deluxe Limited Edition», ограниченное количеством в 2500 копий, которые разошлись за три дня принеся группе в общей сложности 750 000 долларов.

При записи альбома принимали участие Аттикус Росс, Алан Молдер, Алессандро Кортини, Эдриан Белью и Брайан Вильоне. Альбом распространяется по лицензии Creative Commons Attribution Non-Commercial Share Alike.