В конце 60-х годов Заппа продолжил развивать деловые стороны своей карьеры. Он и Херб Коэн основали фирмы Bizarre и Straight Records, являвшиеся подразделениями Warner Brothers Records, которые должны были помочь финансированию проектов и повысить творческий контроль. Заппа стал продюсером двойного альбома Капитана Бифхарта Trout Mask Replica и пластинок Элиса Купера, Вайлд Мэна Фишера и группы The GTOs, а также последнего концерта Ленни Брюса.

Роспуск группы (1969)

После выпуска альбома Cruising with Ruben & the Jets Фрэнк Заппа и его группа вернулись в Лос-Анджелес летом 1968 года. Несмотря на успех среди европейских поклонников, финансовые дела группы шли не очень хорошо. Первые записи группы ориентировались на вокальную музыку, однако после написания композиций в жанрах инструментальный джаз и классическая музыка зрители окончательно запутались в направлении группы. Заппа почувствовал, что зрители не оценили его «электрическую камерную музыку».

К 1969 году в группе было девять членов, которых Заппа поддерживал за счёт своих гонораров, независимо от того выступала ли они или нет. За это время вновь произошла смена состава: на место Билла Манди, ушедшего в свою собственную группу и подписавшего контракт с Elektra Rhinoceros, пришли перкуссионист Арт Трипп, гитарист Лоуэлл Джордж(покинул группу незадолго до роспуска) и трубач Базз Гарднер (брат Банка Гарднера). Также в 1969 году у Фрэнка возник конфликт с MGM Records, результатом которого стало расторжение контракта и подписание нового с Reprise Records, где могли бы издаваться записи Фрэнка и The Mothers of Invention. В конце 1969 года группа The Mothers of Invention распалась. В качестве основной причины распада Фрэнк часто ссылался на финансовые трудности, а также на отсутствие у участников группы больших творческих усилий. Многие члены группы были обижены на решение Заппы, а некоторые из них восприняли это как «музыкальное совершенствование Заппы за счёт человеческих чувств». Другие же были недовольны его «диктатурой», ссылаясь на тот факт, что Фрэнк никогда не находился в том же отеле, что и участники группы. Оставшиеся записи группы были выпущены в виде двух сборников под названиями Weasels Ripped My Flesh и Burnt Weeny Sandwich (оба выпущены в 1970 году).

После того, как группа The Mothers of Invention была распущена, в 1969 году Фрэнк выпустил самый известный сольный альбом под названием Hot Rats. Этот диск впервые содержал продолжительные партии соло — гитары, а также одну из самых устойчивых композиций под названием Peaches en Regalia, которая несколько раз появлялась на альбомах Заппы. В записи приняли участие многие известные музыканты, работавшие в таких жанрах, как джаз, блюз и ритм-н-блюз, в том числе скрипач Дон «Sugarcane» Харрис, барабанщики Джон Герин и Пол Хамфри, мультиинструменталист и бывший член группы The Mothers of Invention Йен Андервуд, бас-гитарист Шегги Отис, а также Капитан Бифхарт, вокал которого был записан для единственной песни Willie the Pimp. Эта пластинка стала очень популярным альбомом в Англии и оказала большое влияние на развитие джаз-фьюжн.

В 1970 году Заппа познакомился с дирижёром Зубином Мета. В мае 1970 года они организовали концерт, где Мета был дирижёром Лос-Анджелесского филармонического оркестра для рок-группы Фрэнка Заппы. По мнению Фрэнка, большая часть музыкального материала была написана в отелях во время тура с группой The Mothers of Invention. Несколько композиций позже фигурировали в фильме 200 Motels. Несмотря на то, что концерт прошёл с успехом, Фрэнк не был доволен работой симфонического оркестра. Недовольство работой оркестра было постоянной проблемой на протяжении всей карьеры Заппы. Фрэнк зачастую считал, что качество исполнения его материала, предоставленного оркестру, не было соразмерено с денежными затратами, которые он расходовал на оркестровые концерты и записи.Тогда же в мае, Заппа для этой цели реанимировал The Mothers of Invention, собрав временный состав под этим названием, включавший от старого состава Билла Манди, Рэя Коллинза (в послений раз участвовавшего в The Mothers), Джеймса Шервуда, Йена Андервуда, Дона Престона и новых музыкантов; басиста Джеффа Симмонса и британского барабанщика Эйнсли Данбара (вместо Роя Эстрады и Джимми Карл Блэка), и вместе с Лос-Анджелесским филармоническим оркестром дали несколько выступлений.