Персонажи понимают, что кристаллы являются своеобразной печатью, удерживающей тёмные силы — с разрушением кристаллов и высвобождением этих сил планета станет непригодной для жизни. Вчетвером друзья отправляются путешествовать по миру в попытках сохранить оставшиеся три кристалла, но все их старания заканчиваются неудачно, злодей постоянно опережает героев. Тогда на их пути появляется Крил, внучка Галуфа, благодаря которой к старику возвращается память. Становится ясно, что он явился сюда из параллельной реальности с целью спасения мира. Вместе с Крил Галуф решает вернуться обратно домой. Оставшись втроём, Барц, Ленна и Фарис обращаются за помощью к инженерам Сиду и Миду и, посредством изобретённого ими механизма, отправляются вслед за стариком. После некоторых злоключений героям наконец удаётся добраться до замка Бал, правителем которого оказывается не кто иной, как Галуф. Выясняется, что в своё время он был одним из «четырёх воинов рассвета» и противостоял злу бок о бок с отцом Барца. Вместе персонажи совершают путешествие к мудрецу Гидо, гигантской черепахе, живущей в подводной пещере, он объясняет им происхождение Эксодеса. Герои отправляются в лес Мур, к древнему дереву, где уничтожают вредоносные печати, но в этот момент появляется сам Эксодес, уже получивший силу кристаллов. На помощь героям приходит Крил, однако злодей окружает её огненным кольцом и собирается убить. Галуф выручает внучку и, лишившись последних сил, один на один сражается со злодеем, пока тот не отступает. От полученных ран старик умирает на руках у друзей, но успевает передать все свои способности Крил.

Команда отправляется в замок Эксодеса и побеждает его, но три последних кристалла разрушены, и оба мира сливаются в один. Персонажи понимают, что колдун обрёл силу Пустоты, заключённую в пространстве между мирами, и теперь поглощает целые города и королевства. Для того чтобы его победить, героям необходимо собрать двенадцать легендарных оружий, с помощью которых тысячу лет назад был побеждён злой колдун Энуо. Справившись с этим заданием, они добираются до самой Пустоты и сталкиваются с Эксодесом, который принял свою истинную форму — дерева, захваченного злым духом. При поддержке четырёх воинов рассвета и короля Тайкуна героям удаётся выжить в Пустоте и одолеть врага. После этого антагонистом завладевает Пустота, превращая его в Нео-Эксодеса — сущность, намеренную уничтожить всё сущее, в том числе и саму себя. Четверо друзей вновь одерживают победу, на этот раз окончательную, — к уничтоженным кристаллам возвращается их изначальная форма, и мир снова приходит к равновесию. Концовка зависит от того, сколько персонажей выжило после финального сражения — оставшиеся в живых члены отряда вновь посещают древнее дерево леса Мур и обнаруживают, что павшие герои вернулись к жизни.

Разработка и локализации

Как и в случае всех предыдущих частей серии, разработкой руководил геймдизайнер Сакагути, причём до появления Final Fantasy IX он считал пятую часть своей любимой игрой. Иллюстрации персонажей, концептуальные рисунки и логотип снова выполнил художник Амано, в то время как над монстрами и графикой сражений потрудился тогда ещё новичок Номура. Позже Амано отметил, что дизайн Фарис наравне с Террой Брэнфорд, главной героиней Final Fantasy VI, считает своей лучшей работой для «Последней фантазии». Вновь были задействованы графические изыски с использованием седьмого видеорежима консоли Mode 7, благодаря ему появился эффект трёхмерности, заметный, например, в сценах падения метеорита и при полёте на воздушном корабле. Постановкой сюжетных сцен занимался режиссёр Китасэ, кроме того, вдвоём с Сакагути они написали основной сценарий игры. За боевую систему отвечали дизайнеры Мацуи и Ито, последний также стал автором системы профессий персонажей. Всего над созданием пятой части работали 45 человек, итоговая версия игры занимала на картридже 16 мегабит памяти, релиз в Японии состоялся 6 декабря 1992 года. Как сообщал журнал GamePro, японские власти обращались к руководству Square с просьбой отложить выпуск Final Fantasy V до начала зимних каникул, поскольку в противном случае дети по всей стране начнут прогуливать уроки, выстраиваясь в очереди за игрой.