Сюжет

В начале игры загадочный G-Man ментально будит Гордона и довольно туманно намекает на вновь предстоящие «великие дела». Несколько секунд спустя Гордон оказывается в поезде, прибывающем в Сити 17, безоружный и без своего защитного энергокостюма, который служил ему верным помощником и неоднократно спасал жизнь в первой части игры. Вскоре обстановка начинает проясняться: Сити 17 находится под властью тоталитарного правительства, во главе которого находится администратор Уоллес Брин, как выясняется позже, бывший администратор научно-исследовательского центра Чёрная Меза. Но Брин, в свою очередь, сам пешка в руках лидеров могущественного союза — Альянса.

Портальные штормы, начавшиеся после смерти Нихиланта по всей Земле, привлекли внимание Совета Альянса, и вскоре их войска атаковали Землю, начав войну, прозванную «Семичасовой», так как после семи часов войны Брин 2013 оставшиеся силы людей сложить оружие, чем и заслужил покровительство Совета и стал полномочным председателем правительства на Земле. Теперь войска Альянса практически полностью контролируют всю планету, кроме лишь нескольких небольших очагов Сопротивления. Гордон, прибывший в город, видит повсеместную их интеграцию. Часть зданий модифицирована укреплениями из чёрного металла. Местность патрулируют мобильные роботы-сканеры, следящие за обстановкой в городе. В городах работает организация «Гражданской обороны» — специально обученных боевым навыкам людей, поступивших во внутреннюю полицию Альянса. Но самым страшным средством убеждения правительства, наравне с пропагандой и раскинутым над городами полем подавления цикла размножения, были синтетные роботы — биомашины.

Главы

Как и первая часть, Half-Life 2 разделена на главы:

• Глава 1: Прибытие (Point Insertion, в другом переводе Точка внедрения) — Гордон Фримен прибывает в Сити 17 на пассажирском поезде. Гражданин, ехавший с ним, говорит, что не заметил, как Гордон садился в поезд. На вокзале Гордон собирается сесть на поезд до Нова-Проспект, однако, сотрудники Гражданской обороны заставляют его пройти в комнату для допросов. Офицер, который должен был допрашивать Фримена, неожиданно снимает маску, и Гордон узнаёт в нём старого друга, Барни Калхауна, бывшего сотрудника охраны Чёрной Мезы. Оказывается, что Барни внедрился в ряды ГО, работая под прикрытием на Сопротивление. Он отправляет Гордона в подпольную лабораторию доктора Кляйнера, бывшего учёного, ныне также участника Сопротивления. Продвигаясь по городу, Гордон наблюдает сцену массовых арестов в жилом доме; два человека на улице замечают: «Вот так всегда… сначала здание, затем и весь квартал». Детекторы Альянса фиксируют «отклонение в численности» людей в здании и полицейские начинают преследовать Гордона. В итоге настигнув его, они оглушают Гордона парализующими электродубинками, но его спасает Аликс Вэнс — дочь бывшего коллеги Фримена, Илая Вэнса. Аликс проводит Гордона в лабораторию доктора Кляйнера, скрытую в подсобных помещениях рядом с городской подстанцией.

• Глава 2: «Великий день» (A Red Letter Day, в другом переводе Красный День Календаря) — в лаборатории Гордон надевает новый, усовершенствованный энергокостюм пятой модели. Кляйнер решает, что Гордона лучше отправить в «Восточную Чёрную Мезу», базу повстанцев за городом, на территории старой ГЭС, с помощью сконструированного им телепорта. Но из-за повреждения телепорта ручным питомцем Кляйнера — хедкрабом по кличке Ламарр, процесс телепортации проходит неудачно. Гордон попадает прямо к Брину, в цитадель, потом, вернувшись обратно, начинает выбираться из города пешком. Вскоре его встречает Барни, и даёт ему монтировку. Он говорит, что не может пойти с ним, потому что ему нужно присмотреть за Кляйнером.