Пока Сора поднимается на верхние этажи замка, группа людей в чёрных плащах под названием «Организация» наблюдает за ним. Марлуксия, хозяин Замка Забвения, — незнакомец, заманивший Сору и его друзей в замок. С помощью Намине Марлуксия хотел изменить память Соры и таким образом подчинить его себе и использовать силу Ключ-Клинка, чтобы получить полный контроль над Организацией. Тем временем другие члены Организации, Лексаеус, Зексион и Вексен, решают, что нужно использовать клона Рику против Соры. Вексен создаёт копию Рику (Riku Replica) и меняет ему воспоминания с помощью Намине, тем самым внушив клону, что он настоящий Рику. Вексен, Лексаеус и Зексион недовольны планом Марлуксии и решают его сорвать, используя настоящего Рику.

Поднимаясь на верхние этажи замка, Сора сражается с Ларксен, подручной Марлуксии. Намине меняет память Соры, а Ларксен, в свою очередь, заменяет у Соры медальон Каири на фальшивый, якобы являющийся подарком от Намине в детстве, и с этого момента Сора начинает думать, что Намине, а не Каири, — его подруга детства. Он узнаёт, что Организация держит Намине в замке и отправляется её спасать, иногда попутно сражаясь с копией Рику. После смерти Вексена и Ларксен Сора встречает Намине и узнаёт о планах Марлуксии. Аксель, ещё один член Организации, чтобы помешать Марлуксии, отпускает Намине к Соре. Сора объединяется вместе с клоном Рику, который также узнаёт о том, что его воспоминания подделала Намине, и вместе с ним сражается с Марлуксией на последнем этаже Замка Забвения. После смерти Марлуксии Намине погружает Сору, Дональда и Гуфи в специальные капсулы, чтобы они смогли восстановить свои утраченные воспоминания, при этом они забывают всё то, что произошло в замке. Чтобы память вернулась, героям нужно проспать в этих капсулах неопределённое время. Перед сном Сора и Намине обещают друг другу, что, если они встретятся вновь, то станут друзьями.

Reverse/Rebirth

Действие кампании Рику происходит одновременно с кампанией Соры. В начале второй кампании Рику обнаруживает, что он попал из Реальности тьмы на первый этаж Замка Забвения. Героя встречает Вексен и сражается с ним, чтобы получить его данные и создать из них копию Рику, но без страха тьмы, который овладевает оригиналом. Ансем, вселившийся в Рику в первой игре, пытается завладеть им и склонить ко тьме, но Король мешает ему сделать это. По пути Рику убивает Лексаеуса: во время битвы Ансем вселился в Рику. Рику почти проигрывает внутреннюю схватку с Ансемом, как вдруг на помощь Рику снова приходит Король. Зексион понимает, что, так как Марлуксия убит, Рику им больше не нужен. Он пытается избавиться от Рику, но его спасает Намине, превратившись в Каири. Подчинив себе тьму, Рику побеждает Зексиона. В Сумрачном городе Рику встречает ДиЗа, который просит его найти Намине. Клон Рику, пытаясь доказать своё право на существование, нападает на настоящего Рику, но погибает. Рику находит Намине и узнаёт от неё, что Ансем всё ещё живёт внутри его сердца; тогда он решает сразиться с Ансемом, которого вызывает ДиЗ. После победы над Ансемом Рику понимает, что он может в равной мере использовать и свет, и тьму. Вместе с Королём Микки Рику покидает Замок Забвения.

Разработка

Так как Тэцуя Номура хотел, чтобы действие Kingdom Hearts II происходило через год после событий первой игры, было решено, что Chain of Memories будет связывать два сюжета в единое целое. Рабочее название проекта изначально было Kingdom Hearts: Lost Memories. Позже Номура решил его поменять, при этом сохранив в заголовке слово «воспоминания». Как и в большинстве сиквелов компьютерных игр, в Kingdom Hearts II игрок начинал игру с персонажем первого уровня без выученных способностей. Чтобы это объяснить, Номура придумал решение — по сюжету Сора почти полностью теряет память, забывая все свои старые способности.