После уничтожения Zeke Миллер признаётся в том, что знал о личностях Пасифики и Задорнова, и что Сайфер — это майор Зеро, который финансировал MSF и косвенно управлял деятельностью отряда. Хотя Снейк злится на него, Миллер признаёт MSF как отряд, который благодаря своим действиям выработал новые направления в военных операциях, и предполагает, что конец Холодной войны положит начало региональным конфликтам, в которых преуспеет именно MSF. По причине того, что MSF нарушает международный баланс сил, а Биг Босс опасается, что его рано или поздно попытаются свергнуть, принимается решение о необходимости отряда продолжать работу вне общества и быть независимой боевой единицей.

В конце Биг Босс говорит своим солдатам, что их группа будет работать под началом любой страны независимо от нации и идеологии, и вскоре они создадут свою собственную нацию Outer Heaven.

Продвижение

27 марта 2010 года японская фирма Suntory, занимающаяся распространением напитков, выпустила линию из восьми банок с изображениями персонажей игры Peace Walker; в частности, герои изображались на банках Mountain Dew и Pepsi Nex. Напитки в игре являются лечебными предметами; в случае ввода игроком найденного на банке специального кода в игре можно найти рубашку с логотипом Mountain Dew. Японская компания Uniqlo занялась аналогичным продвижением. Однако предметы с лейблом фирмы были доступны только в японской версии игры — в американской и европейской версиях на аналогичных предметах был размещён логотип MSF. Для прослушивания игровой музыки игроку в нескольких вариантах доступен плеер Sony Walkman. Кроме того, компания Sony в ограниченном издании выпустила серию моделей Walkman NWZ-W252CAMO, в комплекте с которыми поставлялись специальные игровые коды, шесть эксклюзивных треков из игры и особая камуфляжная раскраска.

1 апреля 2010 года Konami при содействии креативного директора Assassin's Creed II Патриса Десиле выпустила короткое рекламное видео. Клип, являвшийся первоапрельской шуткой, изображал Снейка, выполняющего скачок и приземляющегося в большой стог сена; также главный герой в ролике незаметно оглушал врагов. В игру было включено пасхальное яйцо в виде картонной коробки под названием Love Box; игроки могли использовать её для захвата противников. В 2008 году Konami и Ubisoft создали аналогичный шуточный ролик для Metal Gear Solid 4, изображавший Снейка в костюме Альтаира.

7 апреля 2010 года Konami и Square Enix представили новую линию фигурок, созданных на основе игры. Выпущенная под маркой Play Arts Kai, линия включала в себя фигурки главного героя в нескольких костюмах, а также фигурки роботов-боссов. Впоследствии в серию были добавлены фигурки Снейка в костюме Battle Dress, Миллера и Metal Gear Zeke.

Для развития у игроков интереса к Peace Walker до официального выпуска в Северной Америке компании Konami, Best Buy и Sony Online Entertainment 5 мая 2010 года организовали соревнование по коллекционированию кодов. Проект «Code Hunt» был доступен исключительно американским пользователям PlayStation Home. В нём игроки делились на пять противоборствующих команд и исследовали локации в поисках кодов Peace Walker, каждый из которых приближал их к главному призу. Акция завершилась 2 июня, а победители были объявлены 29 июня. Приз включал в себя $10 000 и комплекты Peace Walker Big Boss.

Одновременно с состоявшимся 29 апреля выпуском игры в Японии Konami приступила к рекламной кампании. Мероприятия начались одновременно в Токио и Иокогаме, впоследствии они прошли в Нагое, Осаке, Сеуле, Тайпее и Гонконге; В США в Лос-Анджелесе и Нью-Йорке, в Европе в Париже и Лондоне.