Parasite Energy

Под стать боевой системе изменена система магии. Некоторые способности требуют наведения — это не очень сложно, поскольку перед запуском игра покажет траекторию и площадь поражения. Задействование способностей требует некоторого времени, в течение которого Айю может прервать любая вражеская атака. Также, любую магию можно улучшать, увеличивая уровень. Для этого необходимы EXP очки. Важным отличием от первой части является отсутствие регенерации PE (Parasite Energy) во время боя — некоторое её количество, зависящее от типов поверженных противников, выдается только после боя.

Сюжет

Acropolis Tower

Прошло три года с момента событий в Нью-Йорке. Айя переехала в Лос-Анджелес, где стала работать в MIST, секретном отделе FBI. Внезапно поступил звонок о том, что в здании Акрополис-Тауэр (Acropolis tower) происходят ужасные события. Прибыв туда, Айя видит убитых членов SWAT. Вскоре она находит первую выжившую, и видит, как она превращается в монстра (Neo Mitochondrial Creatures). Так митохондрии добрались и до людей, ведь раньше заражались только животные. Приходит напарник Айи — Руперт и говорит, что здание заминировано членом отряда SWAT. Айя выясняет кто это — это некое существо под именем № 9. Здание взрывается, а Айя и Руперт успевают улететь на вертолете.

Пустыня Мохаве

На следующий день поступает вызов о странных происшествиях, но уже из мотеля Драйфилд Dryfield в пустыне Мохаве, штат Невада. Там Айя находит девушку которая аналогично девушке в Акрополис-Тауэр, превращается в мутанта. Затем сталкивается с последним жителем мотеля, старым военным по имени Дуглас и его псом Флинтом. Дуглас рассказывает ей про странный вход в старой и заброшенной шахте. Айя продолжает исследовать окрестности мотеля и встречает № 9. После битвы тот самовозгорается, а Айя теряет сознание. Придя в себя, она обнаруживает перед собой человека по имени Кайл Мэдиган и рассказывает ему о старой шахте. Они решают что пора уезжать, но это оказывается невозможным, так как монстры-Scavenger разрушили её автомобиль. Айя и Кайл просят у Дугласа его машину, но тот их предупреждает, что бензина нет. Айя находит его, и уставшая до смерти, ложится спать.

Она просыпается ночью и идет в душ, но слышит ужасно громкие шаги. Выйдя на балкон, она видит огромного монстра дышащего огнём из своей пасти. После долгого боя он умирает. Айя вместе с Кайлом уезжает в шахту, попрощавшись с Дугласом и Флинтом. После прибытия Кайла ранят, и Айя отбиваясь от монстров, просит его укрыться в шахте. Уничтожив их, она идет за Кайлом, но вскоре встречает огромного монстра-лошадь, в теле которого находит пистолет Кайла. Айя решает что Кайл - погиб. В шахтах она находит вход в Убежище…

Shelter

Shelter (Убежище) большой и секретный, подземный комплекс, в котором создавались существа ANMC. Там же был создан NeoArk - сектор-имитатор естественной среды. Он имитирует Дождевые леса Амазонии, где сотрудники Убежища наблюдали поведение и развитие существ ANMC. Айя с трудом пробирается в Убежище и по крупицам собирает ужасные факты о данном месте. В следствии чего как и любой чужак, попадает в смертельную опасность, но её спасает Кайл. С ним Айя бродит по канализации Убежища и находит ворота ведущие в Драйфилд. Там, на водонапорной башне, Айя встречает умирающего Пирса, который был атакован ANMC-москитами. Она успевает его спасти и отправляется обратно в Убежище, но Пирс тайно идёт за ней. Найдя компьютер в Убежище она узнаёт что все ANMC-монстры созданы на основе её клеток и митохондрий в них, некогда взятых Клампом в первой части игры. В этот момент звонит Пирс и говорит про NeoArk, и места где находятся его главные «Источники питания». Отключив, а точнее уничтожив их, она возвращается обратно и спускается на лифте в самую глубину Убежища, где сталкивается с огромным ANMC, который управляется маленькой девочкой по имени Ева (клоном Айи, созданной из её клеток). Айя убивает ANMC, узнаёт что над Евой ставили ужасные эксперименты и то что напала Ева не по своей воле. В этот момент Убежище уже кишит големами-охранниками, цель которых охранять убежище и не дать сбежать Еве. Но, Айя и Ева спасаются бегством, выбираются уже другим лифтом ведущим в NeoArk. Там Еву захватывает № 9, в погоне за ним Айе мешают големы-охранники, которые запрограммированы на защиту Убежища. В попытках найти Еву и № 9, Айя находит записку от Пирса, в которой он просит позвонить Джуди-девушке из оружейного отдела MIST. После чего Айя выходит из Убежища через главный вход, где её встречает рота големов, но их атакует и убивает взвод солдат ВВС, а после — разворачивает штаб. В штабе Айя докладывает старшему о ситуации, там же она встречает Джуди и Флинта — собаку Дугласа. Так как Ева ещё не найдена, по единственной улике (плюшевый медведь-игрушка Евы) с помощью Флинта, Айя отправляется обратно в Убежище и находит полуживого Пирса в морозильной камере големов. Пирс вместе с Флинтом уходит в штаб, а Айя отправляется в "реактор" Убежища, там находит Еву вместе с № 9 и Кайлом, где она узнаёт всю правду о происходящих событиях и Кайл стреляет в неё. В этот момент штаб сворачивается и по решению правительства, боевым спутником, наносится сокрушительный удар по Драйфилду и Убежищу, из-за чего разрушается кокон в котором развивался огромный и очень опасный ANMC. Ева, Кайл и № 9 падают вниз, Айя же остаётся наверху и принимает решение сражаться до конца, найти и спасти Еву которая так похожа на её погибшую сестру Майю. После боя с ANMC, рождается истинная форма сверх-существа. Айя убивает монстра и находит Еву живой, после чего Айю и Еву спасают.