Корабль горит. Крис и Джилл находят Паркера и пытаются вытащить его. Однако Паркер жертвует собой, чтобы не задерживать группу. Джилл и Крис добираются до носа корабля, где на них нападает огромное существо, подвергнувшееся воздействию вируса. Они уничтожают мутанта и улетают. На корабле тем временем остаётся Паркер, однако ему помогает Раймонд. Джилл и Крис узнают всю правду: их операция - это поиск улик против деяний Лэнсдейла. Единственные доказательства его вины покоятся на дне, вместе с третьим судном - Королевой Дидо. В этот момент в офис О'Брайана врываются оперативники «F.B.C.» во главе с Лэнсдейлом, который хочет «заложить» своего бывшего друга ложными сведениями. Крис и Джилл добираются до очередной Королевы. На ней они и находят главу «Il Veltro» - Джека Нормана. Всё это время он был здесь, вводя себе вирус, чтобы выжить, каким-то образом сопротивляясь мутациям. У него есть сведения против Лэнсдейла, который предал его. В данный момент он вводит слишком большую дозу, что превращает его в нового Тирана. Героям удается убить его и забрать все данные. Полученная информация уходит в открытый доступ. На этих основаниях О'Брайан арестовывает Лэнсдейла.

Тем не менее, финал игры остается открытым. Паркер всё же выживает, а после восстановления он вновь вернется в строй как агент «B.S.A.A.». О'Брайан покидает пост директора Альянса. Кит и Квинт также остаются живыми, несмотря на авиаудар. Джессика также остается живой и невредимой, а также получает от Раймонда образцы вируса. Тем временем, Джилл и Крис отправляются на новое задание, которое приводит их в особняк Спенсера.

Персонажи

• Джилл Валентайн - одна из главных героев игры. Она и её напарник, Паркер Лучиани, расследуют исчезновение другой группы, Криса Рэдфилда и Джессики Шерот, сигнал с которыми был потерян в Средиземном Море.
• Паркер Лучани - один из главных героев игры, напарник Джилл. Он работал в «F.B.C.» вместе с Джессикой и пытался противостоять атаке террористов на Террагризию. Позже присоединился к Джилл, чтобы помочь ей найти Криса и Джессику.
• Крис Рэдфилд - один из главных героев игры, давний друг и напарник Джилл. Он и Джессика были отправлены в горы Финляндии, где находилась база террористической организации «Veltro».
• Джессика Шероват - одна из главных героев игры, напарница Криса. Вместе им было поручено разыскать базу террористов в горах Финляндии. До этого она была агентом «F.B.C.», и вместе с Паркером находилась на Террагризии. Позже окажется, что она - двойной агент, а её настоящая организация - «Tricell».
• Кит Ламли - один из главных героев игры, оперативник «B.S.A.A.». Он и его напарник, Квинт Кетчем, были отправлены в горы Финляндии, чтобы раздобыть больше информации о «Veltro» и лайнере «Королева Зенобия».
• Квинт Кетчем - один из главных героев игры, оперативник «B.S.A.A.». Он и его напарник, Кит Ламли, были отправлены в горы Финляндии, чтобы раздобыть больше информации о «Veltro» и лайнере «Королева Зенобия».
• Клайв Р. О'Брайн - директор «B.S.A.A.». Руководит всеми операциями всех групп на протяжении игры. Позже окажется, что он также причастен ко многим событиям в игре, в том числе и к восстановлению «Veltro».
• Реймонд Вестер - один из агентов «F.B.C.». Будучи ещё «молодым», он успел побывать на Террагризии в момент её уничтожения. На самом деле, Раймонд, как и Джессика - двойной агент.
• Морган Ленсдейл - директор «F.B.C.». Руководил уничтожением Террагризии, однако преследовал иные цели. Именно он руководил опытами с вирусом, а также работал с террористической организацией «Veltro».
• Джек Норман - главный антогонист игры, лидер террористической организации «Veltro». Он и его организация финансировались Ленсдейлом, однако позже он предал их, оставив умирать на лайнере Королева Дидо.
• Рейчел Фолей - один из агентов «F.B.C.». Она и Раймонд Вестер должны были расследовать события на Королеве Зенобии. Однако девушка подверглась нападению мутантов и погибла. Выступает в качестве скрытого персонажа, а также как суб-босс.