Каждая сюжетная линия неизменно завершается специфичной концовкой, которая зависит от принятых в ходе игры решений. В зависимости от них финал истории может быть хорошим или плохим. Всего в игре 21 концовка: 15 хороших, 3 плохих и 3 альтернативных. Игра School Days приобрела популярность благодаря своим плохим концовкам, в каждой из которых один из персонажей умирает. В окончании «The Bloody Conclusion» (Кровавое завершение) изображены смерть Сэкай от удара ножом-додзуки в шею, фонтан крови из раны и маниакальный смех Котонохи. В другой концовке «Eternally» (Вечность) Котоноха совершает самоубийство, спрыгнув с крыши; Макото и Сэкай приходят в ужас от увиденного. В хороших концовках, напротив, изображено благополучное развитие отношений между персонажами. В концовке «Christmas Eve» (Сочельник) пара остаётся в комнате отеля, а тем временем в городе идёт снег. В другой концовке «Two Lovers» (Двое любовников) женские персонажи признают развитие полиамурных отношений и прекращают соперничать друг с другом. Для достижения всех возможных вариантов концовки игроку нужно переиграть несколько раз. В HQ-версию была добавлена дополнительная плохая концовка, в которой Сэкай сталкивает Котоноху под поезд, а Макото безуспешно пытается спасти её. В PS2-версию были включены пять новых плохих концовок, а существующие концовки подверглись незначительным изменениям.

В отличие от обычных визуальных романов, где статичное изображение персонажа сопровождается текстом, School Days включает в себя анимированные сцены с поддержкой движения и звука. Видеоряд по умолчанию идёт в обычном режиме, игроку предоставляется возможность приостановить просмотр, ускорить его или пропустить уже увиденные моменты. В игре присутствует поддержка субтитров, имеется возможность отключения голосов персонажей и смены разрешения экрана. Игра может быть сохранена в любой момент (возможно создать до 100 сохранений); загрузка сохранённых файлов возможна как во время игрового процесса, так и из главного меню. В рецензиях фигурировало мнение, что School Days является скорее интерактивным фильмом, чем визуальным романом.

Персонажи

Главным героем School Days является Макото Ито — ученик первого класса средней школы, живущий вместе с матерью в вымышленном городе Харамихама. Во время второго семестра он обращает внимание на Котоноху Кацуру, привлекательную и тихую школьницу, которая часто ездит с ним в одном вагоне поезда. Котоноха не имеет друзей и много времени проводит за чтением книг; она также входит в школьный совет. Впоследствии в жизни Макото начинаются перемены. Его соседка по парте Сэкай Сайондзи узнаёт о привязанности Макото к Котонохе и пытается сблизить их между собой. Ей это удаётся, однако вскоре она сама влюбляется в Макото и начинает ревновать его к Кацуре.

Подружившись с Котонохой и Сэкай, Макото впоследствии знакомится и с другими людьми. Одной из первых становится Сэцуна Киёура, подруга детства Сэкай и член школьного совета. Макото несколько раз помогал ей во время школьных мероприятий, поэтому Сэцуна уважает его и тайно ему симпатизирует. Хикари Курода, семья которой известна благодаря своей булочной, с самого начала ошибочно полагала, что Макото встречается с Сэкай. Она стала осуждать Макото, когда тот начал встречаться с Котонохой. Макото также знакомится с членом женской баскетбольной команды Нанами Канродзи и с младшей сестрой Котонохи Кокоро.