Уже в следующий зоне герой не посредственно сражаться с монстром. У него нет "прицела", но теперь враг стреляет только вперёд, предварительно накапливая энергию и притягивая Мусаси к себе. Также враг атакует ещё своей рукой (которую тоже можно бить) и пуская три кожных сгустка из головы.

• Раунд 4: Уничтожение (англ. The Destruction).

В первой зоне герой передвигается на высокой скорости на серфинге, попутно собирая призы и отбиваясь от противников. На этом уровне уже встречаются враги с первого раунда игры, хотя есть и враги со второго. Подбосс - один из трёх военных, который метает мины и стреляет и выпускает огненные шары.

Вторая зона - это водонасосная станция, где проявляться новые враги в виде летающих нинзя, парящих огненных монахов. Также в качестве препятствия выступает пар и вода, также толстики с клешнями.

В конце, в качестве босса являться целый летающий корабль, где нужно последовательно уничтожить его 3 оружия, а после его самого. Во время битвы, это единственный случай, когда в такой битве герой собирает бонусы. Также это единственный раунд из всех, где можно набрать более одной жизни.

• Раунд 5: Электрический Демон (англ. Electric Demon).

Мусаси оказывается вначале в горящем лесу, где засели многочисленные враги, при этом появились взрывающиеся цистерны, а также мины, при наступлении, которых происходит взрыв. Враги здесь в основном из 2 зоны 2 раунда. Подбосс - второй военный из тройки, на сей раз он носиться из угла в угол, скрываясь за экран, после кратковременно атакуются лазером Мусаси.

Последующие зоны - внутри некого завода (на задним плане виднеются Mechagodzilla - босс уровня), где для пробивания пути служат бомбы. При этом бомбы могут быть и во вред, так как отбивают ещё часть пути.

В конце герой встреться с Mechagodzilla, которой довольно таки не поворотлив, но при этом вызывая обвал лома с потолка, атакуют 3 лазерами и метая огнём. Даже после "отрубания головы", он ещё остаётся жив, при этом он уже стоит на месте и не извергает огонь. Также есть возможность игроку вступать на руки монстру и отбивать 3 этих лазерных луча.

• Раунд 6: Ловушки (англ. The Traps).

Первая зона - камнепад. Задача игрока добраться до вершины, при этом вовремя, не упав вниз и отбиваясь от врагов. Зона сложна ещё и тем, что отсутствуют точки сохранения и герою постоянно нужно начинать, в случае гибели начинать с самого начала. Подбосс - фанатик, в птичьем обличии, который постоянно стреляет перьями и сворачивается в клубок.

Последующие зоны - целый лабиринт из комнат, где Джо должен найти путь к боссу. Усложняется прохождение тем, что отсутствуют хоть какие-никакие ориентиры, а ящики служащие лестницей, в случае уничтожения (чаще всего там бомба) уже не пригодны для подъема и игроку по новому придётся проходить одни и те же комнаты. Вход к боссу - "костяная" дверь. На уровне также есть колючие прессы, которые либо решают чуть ли не всей жизни, либо герой отлетает от них, но при этом теряя много здоровья и нарываясь на шипы.

Самих боссов тут в начале 2. Один из них - ложный, только после нескольких ударов, зажигается свет и основной старейшина выступает в качестве основного врага. Он (они) атакуют веерами и стрелами, а в случает того, что он начал прыгать, на нижнем эта появляются шипы. Также часто старик скрывается за 6 потайных дверей.

• Раунд 7: Финальная конфронтация (англ. The Final Confrontation).

На протяжении почти всего уровня, отсутствуют враги, в прочем есть не большая партия летающих роботов, которые стреляют. Основным врагом является сам комплекс, его двигатели и выхлопы. Во второй зоне

героя ждёт подъём на лифте. он более короток чем на втором уровне, но при этом много стрелков и несколько летающих роботов. На крышах (3 зона) герой должен остерегаться пушек, которых бывает сразу 2, залповых пушек, и выхлопов пара.

Вторая часть уровня - внутри станции. Здесь нет врагов, но сложность создают повсеместные электро-загрождения, многочисленные пропасти. Бывает возможность передвижения на подъёмниках, однако, это частично и ловушка, т.к. они проходят через стены и такие заграждения. В следующий зоне Джо предстоит подъём вверх, при этом не быть расплющенным и не упасть в пропасть, т.к правая стена начинает сдвигаться влево. Эта же зона является последней, в конце герою есть возможность взять несколько бонусов.

Финальная битва - сам Новый Зед. Его атаки - во многом подобны Джо, при этом он более подвижен и постоянно защищает себя щитом. Отняв половину энергии, он трансформируется в Super Zeed, где он ещё быстрее и сильнее, при этом производя лазерный залп во все стороны, от которой практически не увернёшься и не закроешься. Рекомендуется использовать уже эффект Ninjitsu, поскольку этот раунд последний и подсчёт очков не производиться.

Интересные факты

• Не смотря на название, игра является не третьей, а четвёртой в серии. При этом, в некоторых странах под именем The Super Shinobi II была выпущена вторая часть.
• Есть некоторые отличия между американской и японской версиями игры (в России распространялись оба варианта):
• • Начальные титры;
  • Лифт во втором раунде в Японской версии в конце поднимается быстрее и загорается стрелка направления (GO), тогда как в американской он это делает по прежнему медленно и надпись горит постоянно.
  • Там же в самом начале в американской герой уже стоит на лифте, тогда как японской игрок должен самостоятельно взойти на него.
  • На последнем уровне в конце подъёма на лифте в японской версии лифт сам довозит до конца, тогда как в американской появляется указатель и игрок должен сам запрыгнуть наверх.
  • Конечное выказывание главного героя на фоне взрыва станции.
  • В японской версии в некоторых местах присутствует надпись GO, в американской нет.
• Характерная черта, что боссы погибает, то что они меняют свою окраску, хотя это характерно не для всех.
• В конце, после финальных титров появляется надпись "to be continued" (рус. "продолжение следует").
• Иногда, из-за программных ошибок, при установки, в опциях игры, значения сюрикенов, значение 00 и после чего переводя курсор на тест звука, это значение превратиться бесконечное количество.
• Перед комнатой с боссом в конце 6 раунда, если перепрыгнуть через шипы - скрыта потайная комната с призами.