Барисов предполагает, что прошлое можно изменить только разрушением центра Сингулярности бомбой Е-99. Бомба находится в порту в трюме затонувшего грузового судна Жемчужина. На её поиски отправлятся Ренко. В системе подземных туннелей он отражает нападение радиоактивных пауков-секлещей, а затем впервые встречается с их Королевой, похожей на паука величиной с дом. Попытка выбраться закончилась провалом, люди Демичева захватили башню Барисова, который вместе с Кэтрин успел бежать. Дальнейший план следовало обсудить в диспетчерской вышке. Барисов предлагает проникнуть в порт на поезде. Для начала надо пробраться через закрытую зону, починив управление краном, а затем проехать на его платформе под обстрелом врага. Попав в шахты, Ренко тихо пробирается между слепыми, но не глухими возвращенцами, бывшими когда-то людьми.

Снова встреча с Кэтрин, двигавшейся другим маршрутом. Ренко прикрывал напарницу с балкона, когда её захватил один из солдат. Освободить девушку удаётся только когда её уже собираются застрелить после того, как она отказалась выдать Демичеву, где заполучить МВП. Вместе они добираются до поезда. Используя установку-усилитель МВП на платформе, Ренко чинит локомотив и восстанавливает поезд. На мосту состав терпит крушение: Королева секлещей едва не отправляет в пропасть вместе с поездом главного героя. Происходит противостояние на разрушающихся вагонах. Победителем выходит Ренко, которому удаётся направить усиленный установкой поток энергии на монстра. Следующим потоком был восстановлен локомотив, и герои продолжили путь.

В Центральном порту необходимо найти затонувший корабль «Жемчужина». Когда Ренко оказывается на пристани, происходит сингулярный взрыв, мы оказываемся в 7 ноября 1955 года. Впрочем, после короткой схватки с советскими военными, Ренко возвращается в 26 октября 2010 года. Как объясняет Барисов, нестабильность времени в порту связана с большой концентрацией Е-99. Нырнув под воду, Ренко подает питание на платформу-усилитель МВП и поднимает «Жемчужину» на поверхность. Требуется найти задний грузовой отсек. Этому пытаются помешать мутанты и люди Демичева, набежавшие на корабль. На помощь американцу, наплевав на возражения Барисова бросается Кэтрин. Мы выясняем, что корабль затонул в результате хранения нестабильного Е99 в трюме. Такой большой объект как корабль не может длительное время сохранять искусственно восстановленные формы: начинается повторное разрушение судна. Всё, что успевает Ренко: взять бомбу Е-99 и покинуть «Жемчужину», пока она не затонула. Барисов вытаскивает потрёпанного Ренко из воды, когда корабль уже уходит на дно.

Главный герой очнулся в Комплексе по переработке Е-99 27 октября 2010 года. По словам Барисова Кэтрин подстрелили военные, и она пропала без вести. Чтобы её жертва не была напрасной, Ренко должен продолжить начатое. Нужно зарядить бомбу Е-99 в специальной «Печи». Путь туда лежит через подвалы, наполненные трупами погибших в результате катастрофы. Здесь происходит встреча с мутантами, похожими на ожившие деревья, которые стреляют лучами смертоносной энергии. В итоге требуется использовать платформу-усилитель МВП, чтобы починить мост, ведущий к «Печи». Для подачи энергии на усилитель Ренко запускает гидрогенератор. После этого мост удается собрать заново.

Путь через мост преграждают военные, а главный вход оказывается закрыт. Обходной маршрут проходит через заражённые токсичным газом помещения. Чтобы выбраться из заражённого района, Ренко использует противогаз и временной разлом в 10 ноября 1955 года, когда в Газохранилище Каторги-12 произошла утечка из контейнера с газом Е-99. Удаётся выбраться на поверхность в 27 октября 2010 года. Защищаясь от мутантов, военные включили защитный периметр. Ренко отключает его, и монстры вырываются на свободу. Чтобы проскользнуть мимо сражающихся сил военных и мутантов, надо проехать на подвесной платформе. Ренко оказывается около «Печи» — реактора для выделения изотопов Е-99, но для зарядки бомбы требуется код активации, который находится у доктора Петрова. Пройдя через временной разлом, мы перемещаемся в 10 ноября 1955 года. Учёный замечает Ренко и пытается остановить его с помощью охраны, но безуспешно (когда вы настигнете учёного у входа в его кабинет, и он будет просить о пощаде, можно как пристрелить его, так и оставить в живых, на сюжет это не влияет). Код активации получен, Ренко заряжает бомбу, но из-за этого происходит перегрузка реактора, он в спешке возвращается к разлому и покидает «Печь» до взрыва; при выходе из разлома в наше время мы видим руины Печи и надпись: «И опять ты изменил прошлое. И опять мир стал другим. И опять об этом знаем только мы.». Далее Ренко с заряженной бомбой встречает Барисова.