Сотни лет назад пересекали утромы галактику, транспортируя опаснейшего преступника из своего вида, Ч’релла. Но из-за саботажа, устроенного этим преступником, корабль пришёл в неисправность и свалился на Землю в Японию, во времена древних самураев. Из-за этого переполоха Ч’релл сумел скрыться, а утромы стали ждать, пока земные технологии дойдут до уровня, позволяющего отремонтировать корабль для того, чтобы вернуться на родную планету. В скором времени утромы завербовали нескольких людей в качестве Ниндзя Защитников. Несколько времени спустя, на утромов напал по неизвестной причине воин в тяжёлых доспехах, имя которого Шреддер. Тем временем в реальном мире Бакстер Стокман пробрался в здание ,,T.C.R.I." и перепрограммировал машину виртуальной реальности Оракул так, чтобы опасность в этой виртуальной реальности стала настоящей для черепах и Сплинтера и чтобы вытащить их оттуда было невозможно. Несмотря на это, черепахи и Сплинтер помогли утромам этой реальности победить Шреддера, и после этого те же утромы дали им ключ, с помощью которого, братья и их учитель смогли попасть в реальный мир.

Вернувшись, они обнаружили, что здание находится под осадой Шреддера и его отряда Ниндзя Фут. Во время ожесточённой битвы в комнате, где находился Оракул, Шреддер смог заразить здание техноорганическим вирусом, который должен был взорвать здание через некоторое время. Из-за этого утромы, Ханикатт и Современные Ниндзя Защитники использовали телепорт, чтобы переместиться на планету утромов. Тем временем черепахи сразились с Шреддером и после победы узнали, что Шреддрер на самом деле сбежавший утром Ч’релл, после этого черепахи и Сплинтер телепортировались в ближайший переулок, а Шреддер не успел дойти до телепорта и взорвался вместе со зданием.

Седьмой эпизод ,,Старое убежище черепах"

Через две-три недели черепахи обнаружили в канализации в их старом убежище огромного антропоморфного крокодила, имя которого Кожеголовый. После боя с ним черепахи поняли, что он им не враг. Вскоре Кожеголовый рассказал им свою историю. Он рассказал, как изначально был найден утромами, и они приютили его в качестве питомца, а вскоре он случайно попал под воздействие мутагена Ооз, который также когда-то давно изменил черепах. После этого утромы обнаружили, что он стал рузумным, и стали обучать его своим наукам, и Кожеголовый жил с утромами, считая их своей семьей. Но, когда на здание ,,T.C.R.I." напали Ниндзя Фут, и оно взорвалось, Кожеголовый скрылся в канализации в старом убежище черепах, где пытался воссоздать телепорт для того, чтобы воссоединиться с семьей на планете утромов. Вскоре выяснилось, что помощником в этом замысле у Кожеголового был Бакстер Стокман, враг утромов. Стокман, понимая, что его разоблачили, бросил на пол контейнер с горючим химикатом, который взорвался. Кожеголовый, держа обломки разваливающегося убежища, дал шанс черепахам спастись, пожертвовав собой и шансом когда-либо увидеть свою семью, утромов.

Восьмой эпизод ,,Абсолютный Ниндзя"

Вскоре ниндзя, называющий себя Абсолютным Ниндзя, из другого измерения появляется в измерении черепах для того, чтобы сразиться с сильнейшим воином Земли Шреддером, но вскоре узнает, что Шреддер побеждён черепахами, поэтому бросает им вызов, но он проигрывает этот поединок. Но даже после того, как он признал себя проигравшим, он использует зелёного магического дракона, чтобы убить черепах, но вдруг появляется Даймё, отец Абсолютного Ниндзя, и уничтожает этого дракона. Даймё извиняется перед своим старым другом Сплинтером и черепахами за поведение его сына и потом покидает это измерение вместе с Абсолютным Ниндзя.