В Link's Awakening игроку помогают советами неигровые персонажи, например, скромный старик Улрира, связывающийся с Линком исключительно по телефону. В игре встречаются персонажи из других игр Nintendo: Уарт, Ёси, Кирби, доктор Райт из игры SimCity и изгнанный принц Ричард из Kaeru no Tame ni Kane wa Naru. Персонаж Чомп из игровой серии Mario был включён в игру после того, как программист дал Линку способность поднимать существ и переносить их. Гумбас из Super Mario Bros появляется в подземных секциях, куда может попасть главный герой. Руководитель проекта Такаси Тэдзука говорил, что Link's Awakening стала похожей на пародию серии Legend of Zelda. Некоторые персонажи в игре ломают четвёртую стену; например, дети рассказывают игроку о системе сохранения, хотя затем говорят, что не понимают, о чём идёт речь.

Сюжет

После событий игры The Legend of Zelda: Oracle of Seasons and Oracle of Ages Линк отправляется в новое путешествие. Попав в шторм, корабль главного героя терпит крушение, и он приходит в себя на острове Кохолинт. Его приносят в дом, где живут Тарин и его дочь Марин. Будучи очарованной Линком и внешним миром, она мечтательно говорит главному герою, что если бы она была чайкой, то смогла бы покинуть остров и путешествовать по морям. После того как Линк возвращает себе свой меч, таинственная сова говорит ему, что для того чтобы вернуться домой он должен разбудить стража Кохолинта по имени Винд Фиш. Существо спит в гигантском яйце на вершине горы Тамаранч и может быть пробуждено только при помощи восьми музыкальных инструментов Сирен. Обитающие на острове монстры, желающие править миром снов Винд Фиша, препятствуют Линку в его поисках инструментов.

Собрав все восемь инструментов из восьми подземелий Кохолинта, Линк взбирается на вершину горы Тамаранч и играет для Винд Фиша. Яйцо, где спит Винд Фиш, раскалывается, и Линк вступает в бой с последним боссом, принимающим форму Ганона и других прошлых противников Линка. Последняя трансформация — циклоп Дэфл. После его уничтожения Винд Фиш объясняет Линку, что весь остров Кохолинт является сном главного героя. Когда Линк снова начинает играть, он вместе с Винд Фишем просыпается, а остров и его обитатели медленно исчезают. Линк обнаруживает себя лежащим на деревянном обломке в центре океана, а Винд Фиш летит над ним. Если игрок за время прохождения не потерял ни одной жизни, то после финальных титров будет показана летящая Марин; в оригинальной версии игры она показана в виде девушки с крыльями, тогда как в DX-версии она принимает форму чайки.

Игровой процесс

Как и большинство игр серии Legend of Zelda, Link's Awakening — приключенческая игра с видом сверху, сосредоточенная на исследовании окружающего мира и боях. Игрок путешествует по территории острова Кохолинт, сражается с монстрами и исследует подземные темницы. Подземелья постепенно становятся всё больше и сложнее, в каждом из них находится босс, которого игроку необходимо одолеть. В награду за победу герой получает дополнительные контейнеры сердец, увеличивающие его здоровье. Если все контейнеры сердец опустеют, игра перезапустится с момента входа в последнюю посещенную дверь. Уничтожение босса также даёт игроку один из восьми музыкальных инструментов, необходимых для завершения игры.

Link's Awakening стала первой игрой серии Zelda, в которой Линк может прыгать. Игрок может расширять способности главного героя при помощи игровых предметов, которые находятся в подземельях либо достаются Линку после взаимодействия с другим персонажем. Некоторые предметы открывают путь в ранее недоступные локации и являются необходимыми для входа в подземелье. Игрок может украсть предметы из магазина, однако подобное действие приведёт к тому, что имя персонажа поменяется на «THIEF» (Вор), а владелец магазина попытается убить Линка, когда тот снова войдёт в магазин.