В дополнение к основному квесту в Link's Awakening присутствуют дополнительные задания и миниигры. По ходу игры можно коллекционировать ракушки; набрав определённое их количество, игрок получает мощный меч, стреляющий энергетическими разрядами. В Link's Awakening впервые доступен торговый квест — игрок может дать персонажу определённый предмет, а взамен получить другой, который, в свою очередь, необходимо передать какому-либо другому персонажу. Также для кнопок игрового контроллера можно самостоятельно назначить действие, что позволяет создавать комбинации используемых предметов. К другим минииграм относятся рыбалка и игра на окарине (данная механика стала одной из основных в следующей игре Ocarina of Time).

Разработка

Link's Awakening началась как отдельный проект; программист Кадзуаки Морита при помощи одного из первых средств разработки для Game Boy создал похожую на Zelda игру для проверки совместимости с игровой платформой. Спустя час к нему присоединились другие члены подразделения Nintendo Entertainment Analysis and Development; их работа над игрой напоминала «занятия в клубе после школы». Работа начала приносить результаты, и после релиза в 1991 году игры The Legend of Zelda: A Link to the Past для Super Nintendo руководитель проекта Тэдзука попросил разрешения на разработку портативной игры Zelda; он предполагал, что это будет портированная версия игры A Link to the Past, однако проект Link's Awakening перерос в оригинальную игру. Основная часть команды, которая создавала игру Zelda для Super Nintendo, была привлечена и к работе над новым проектом. Разработка игры Link's Awakening заняла 1,5 года.

Тэдзука говорил, что ранняя стадия разработки Link's Awakening проходила в свободной форме, что привело к внедрению «неограниченного» контента, например, к незапланированному появлению персонажей из игровых серий Mario и Kirby. Сценарист игры A Link to the Past Танабэ присоединился к разработке на её ранней стадии, имея при себе базу для сюжета. Тэдзука планировал сделать Link's Awakening спин-оффом и дал Танабэ указания не включать в игру основные элементы серии: Принцессу Зельду, артефакт Трифорс и сеттинг Хайрула. Вследствие этого Танабэ предложил избрать в качестве игрового мира остров с яйцом на вершине горы.

Позднее к команде присоединился Коидзуми, ранее помогавший в создании сюжета к A Link to the Past. Коидзуми отвечал за основной сюжет Link's Awakening; именно он придумал идею острова во сне и разработал взаимодействия главного героя с сельскими жителями. Продюсером серии Эйдзи Аонумой Link's Awakening была описана как первая игра серии Zelda с надлежащим сюжетом, который он обособлял с романтичностью Коидзуми. Тэдзука надеялся, что игровой мир будет напоминать американский телесериал Twin Peaks, где, как и в Link's Awakening, изображены персонажи, живущие в маленьком городе. Он предлагал изобразить персонажей игры «подозрительными», наподобие тех, что в Twin Peaks, что было проделано в более поздних играх серии Zelda. Танабэ создал этих «странных» персонажей, фигурирующих в дополнительных сюжетных линиях, и написал практически все диалоги персонажей, за исключением линий совы и Винд Фиша.

Масанао Аримото и Сигэфуми Хину занимались созданием персонажей игры, а Ёйти Котабэ работал в качестве иллюстратора. Заставки и рисунки в игре были нарисованы Аримото. Ясахиса Ямамура создавал игровые подземелья и размешал врагов. Выступавший продюсером Миямото в разработке участия не принимал, однако занимался тестированием и внесением предложений, которые оказали на игру значительное влияние на последних стадиях её разработки.