При атаке одной армии на другую на стратегической карте открывается окно сражения, в котором показаны командующие обеих армий, их численный состав и примерное качественное соотношение. На данном этапе армия или флот может отступить, однако если у неё закончились пункты передвижения, она будет вынуждена принять бой. Если армия принимает бой, то вокруг неё образуется область выделенная красным цветом: любой союзный отряд попавший в эту область становится участником боя. Сражение можно завершить, автоматически подсчитав итоги.

Огромную роль в сражениях играют генералы и адмиралы. Они повышают моральный дух войск, гибель командующего очень серьёзно ослабляет натиск армии. Вокруг отряда генерала образовывается специальная зона, в которой действуют его особые способности: сбор и воодушевление армии, которое повышает точность стрельбы и качество рукопашного боя. Одним из новшеств игры является введение уникальных юнитов-героев, достигших невероятной боевой силы в результате изнурительных тренировок.

Наземные сражения

В сухопутных сражениях игрок командует армией. Армия делится на отряды, максимальное число отрядов — двадцать. Каждое подразделение имеет свои преимущества, недостатки, стоимость обучения и общий уровень эффективности.

Подразделения имеют определённый моральный уровень, который может увеличиваться, если битва проходит удачно, или уменьшаться при тяжелых потерях, гибели офицеров или в случае смерти генерала.

Осады принимают в учёт архитектуру японских замков, которая отличается от своих европейских аналогов. Японские замки состоят из нескольких террас, окружённых стенами. Высота каждой террасы зависит от рельефа. В Shogun 2 нет нужды строить осадные машины, хотя в состав армии и могут входит мангонелы (катапульты) и европейские пушки, которые не могут перемещаться во время боя. Все пешие войска способны карабкаться по стенам во время штурма замка. Чтобы захватить замок совсем необязательно уничтожить всех защитников. Достаточно пробиться к центральному зданию и захватить его. Войска также могут поджечь замковые врата, чтобы иметь более прямой доступ в замок и позволить кавалерии вступить в бой с защитниками. Также, кавалерия может спешиться чтобы залезть на стены. Крепостные башни могут быть захвачены во время штурма, как и различные здания присутствующие за стенами замка. Например, захват фермы повышает выносливость армии в этой битве, тогда как захват додзё лучников пополняет запасы стрел и аммуниции.

В «Shogun 2» разработчики вернули подбадривающие речи генералов перед боем. Все речи — на японском с субтитрами. В ней по возможности максимально точно описывается ситуация: кто противник, количество обеих армий, честь вражеского даймё, качества своего клана, и т. п.

Морские сражения

Стратегический режим

Стратегический режим игры заимствует множество идей из предыдущих частей. Игроку предоставляется карта Японии, разделённая на множество провинций, и окружающие её моря. Поначалу, игрок может видеть только свою изначальную провинцию, тогда как всё об остальных провинциях скрыто. Большинство построек находятся за пределами замка, что позволяет врагу разрушать их не нападая на защищённые укрепления. По мере улучшения замка, игрок получает доступ к дополнительным строительным ячейкам, хотя в одном замке нельзя построить все возможные здания, что требует специализации провинций от игрока. Например, в одной провинции можно построить всего два додзё (или другие аналогичные здания). Если построить додзё лучников и конюшню, то игрок получит возможноть нанимать не только лучников и кавалерию, но ещё и конных лучников. В некоторых провинциях есть дополнительные ресурсы, которые дают преимущество владельцу. Например, присутствие лошадей в провинции позволяет игроку нанимать более эффективную кавалерию в этой провинции, тогда как присутствие каменоломни позволяет строительство каменных замков. Восполнение потерь использует систему «Napoleon», где войска сами пополняются каждый ход в зависимости от линий снабжения, но это требует присутствия генерала.