Сюжет игры перекликается с сюжетом других игр серии. Так, финальный босс Wolfenstein, Ханс Гросс, также является первым боссом в игре Wolfenstein 3D. Также в игре участвует генерал Вильгельм Штрассе, также известный как «Мёртвая Голова», известный по игре Return to Castle Wolfenstein как разработчик Супер-Солдат. Прошедшие события — срыв операции «Возрождение» и программы суперсолдат — упомянуты в нескольких служебных записках в миссиях, предупреждающих об особой опасности главного героя. Также внешний вид тяжёлых пехотинцев немного напоминает броню Супер-Солдат.

Персонажи

Протагонисты

• Флаг США Уильям Би Джей Блажкович — главный герой игры. В начале игры устраивает погром на «Тирпитце», после этого по приказу директора OSA отправляется на задание в Айзенштадт.

Антагонисты

• флаг Третьего Рейха Генерал Виктор Цетта (†) — первый комендант Айзенштадта ведущий раскопки за городом. В режиме Тени выглядит, как монстр. Убит Блажковичем на Консервном заводе. Озвучил Александр Груздев.
• флаг Третьего Рейха Вильгельм «Мёртвая Голова» Штрассе — бывший разработчик Супер-Солдат, второй комендант Айзенштадта посланный на замену Цетте. С помощью оружия на цеппелине собирался уничтожить Айзенштадт, но Блажкович снова помешал ему. Главный антагонист игры. Озвучил Борис Быстров.
• флаг Третьего Рейха Ганс Гроссе (†) — мускулистый солдат Рейха. Подручный Мёртвой Головы. Убил Каролину Беккер. Убит Блажковичем в мире Чёрного Солнца. Озвучил Владимир Антоник.
• флаг СССР Леонид Александров (†) — глава организации Золотого Рассвета. «Крот» и предатель. Работал на Мёртвую Голову. Именно он сказал, что на Вокзале будет Блажкович и именно он устроил ловушку на Каролину Беккер. Убит Гансом Гроссе по приказу Мёртвой Головы. Озвучил Алексей Золотницкий.

Второстепенные персонажи

• флаг Третьего Рейха Каролина Беккер (†) — глава Кружка Крейсау. Попала в ловушку и убита Гансом Гроссе на глазах у Блажковича.
• флаг Третьего Рейха Эрик Энгле — член Кружка Крейсау. Лидер Кружка Крейсау после смерти Каролины Беккер.
• флаг СССР Сергей Ковлов — член Золотого Рассвета. Был подвергнут пытками нацистов, сломался и рассказал, где Тулийский медальон. Спасен Блажковичем. Научил Блажковича пользоваться медальоном. Озвучил Андрей Бархударов.
• флаг СССР Павел Черных — библиотекарь Золотого Рассвета. Озвучил Илья Хвостиков.
• флаг Великобритании Директор — директор OSA (Office of Secret Actions) начальник Блажковича. В начале игры даёт задание Блажковичу отправиться в Айзенштадт. Озвучил Алексей Золотницкий.
• флаг Великобритании Джек Стоун — помощник директора OSA. Озвучил Илья Хвостиков.
• флаг Третьего Рейха Антон Криге (†) — торговец из Чёрного рынка. Позже выяснится, что он предатель. Брат Штефана Криге. Убит Штефаном. Озвучил Владислав Копп.
• флаг Третьего Рейха Штефан Криге — торговец из Чёрного рынка. Брат Антона Криге. По словам Штефана, когда Антон рассказал что он предатель, Штефан застрелил его. Озвучил Владимир Антоник.

Враги в игре

• Солдат СА (Soldier) — первый противник, которого вы встретите в игре. Вооружен MP40 и Kar98k. Довольно слаб, и его очень легко убить. Появляется в миссии «Вокзал».
• Солдат СС (SS Soldier) — отличается от солдата одеждой, несколько большим количеством здоровья и тем, что имеет на вооружение MP43 и Панцершрек. Появляется в миссии «Раскоп».
• Книжник (Scribe) — довольно сильный противник, стреляет в игрока зелёными сгустками Тени, также умеет защищать союзников энергетическим щитом и ускоряться. Появляется в миссии «Раскоп». Иногда в речи использует латынь.
• Тяжелый пехотинец (Heavy Trooper) — вооружён фотонной пушкой и очень опасен. Имеет очень прочную броню. Появляется в миссии «Церковь».
• Инфернал (infernal) — мутировавший под влиянием Тени офицер. Так же, как и книжник, кидается зелёными сгустками Тени. Так же есть подвид вооружённый MP43 и умеющий делать ударные волны. Опасен в больших количествах. Появляется в миссии «Церковь».
• Нюхач (Sniffer) — ещё один эксперимент нацистов. В лаборатории любит пользоваться неожиданностью и выпрыгивает из под пола. Был создан чтобы искать кристаллы. Не отображается в Тени характерным зеленым цветом. Появляется в миссии «Пещеры».
• Элитная охрана (Elite Guard) — женщины, вооруженны кристаллом-кинжалом. Очень быстрый противник, зато их легко обнаружить по их громкому крику «Вперед!». Могут воскрешать убитых солдат-союзников в качестве Инферналов. Появляются в миссии «Отдел паранормальных исследовании СС». Женщины с кинжалами появляются в «Деловой центр».
• Убийца (Veil Assassin) — результат нацистских экспериментов. Виден только с помощью медальона. Вооружён двумя кристаллами, используемыми в качестве ножей. Малый запас здоровья с лихвой компенсируется невидимостью, внушительным уроном и скоростью. Появляется в миссии «Госпиталь».
• Огнемётчик (Flame Trooper) — вооружён огнемётом и одет в неплохую броню. Появляется в миссии «Консервный завод».
• Ракетометчик (Rocket Trooper) — солдат, летающий на реактивном ранце и вооружённый двумя многоствольными ракетометами. Появляется в миссии «Замок».
• Гейст (Geist) — летающие монстры, размером с кошку. Не враждебны, но если убить несколько штук, то тогда они нападут. Встречается повсеместно в режиме Тени.
• Гейст-воин (Geist Warrior) — встречаются только в миссии «Крыша Замка». В отличие от призраков могут быть видны без режима Тени и нападают всегда.