Певший до этого в Stiltskin Рэй Уилсон был назначен новым лидер-вокалистом Genesis. Среди других претендентов на это место были Пол Коррак из группы Резерфорда Mike and the Mechanics, Френсис Даннери (из It Bites) и Фиш (из Marillion), ранее дважды сотрудничавший с Бэнксом. Перед самой своей смертью в 1996 году прослушивался Кевин Гилберт. По мнению продюсера Ника Дэвиса единственным серьёзным конкурентом Уилсона был Дэвид Лэнгдон, хотя он никогда раньше с группой не пел. Насчёт критериев группы в поиске вокалиста Бэнкс заметил: «Нам нужен был кто-то, кто подходит по стольким параметрам, как например умение импровизировать с музыкой, которую мы сочиняем, умение нырять в глубоком месте и быть фронтменом группы». Уилсон немедленно был вовлечён в процесс сочинения песен, ему выдали полдюжины песен для работы, что закончилось тремя строчками о соавторстве на обложке альбома.

Альбом Calling All Stations 1997 года неплохо продавался в Европе, композиция «Congo» вышла на 29 место в британском чарте. Альбом не был успешным в США, где не попал в Billboard Top 50. В течение 1997 и 1998 годов Genesis гастролировали по Европе, к Бэнксу, Резерфорду и Уилсону присоединились Зидкьяху и гитарист Энтони Дреннан, который ранее работал с Полом Бреди и The Corrs. Тем не менее, запланированный тур по США был отменён из-за слабых продаж альбома. Вслед за прерыванием тура Calling All Stations группа отпустила Уилсона и ушла в бессрочный отпуск, хотя участники продолжали регулярно контактировать. В интервью, данном в апреле 2007, года Уилсон выразил отвращение к тому, как была осуществлена его отставка из группы, сказав «это было как смерть от тишины». К тому же он сказал, что жалеет о времени потраченном на группу, когда он чувствовал себя некомфортно, как «рабочий класс» рядом с богачами Бэнксом и Резерфордом. Он так же сообщил, что один из ассистентов Коллинза рассказывал ему, что Коллинз «был разочарован, что группа продолжает работу».

В 1999 году состав группы 1971-75 годов (Бэнкс, Коллинз, Гэбриэл, Хаккет и Резерфорд) записал новую версию композиции The Carpet Crawlers для сборника Turn It On Again: The Hits. В 2000 году Коллинз, Бэнкс и Резерфорд выступали с акустической версией I Can’t Dance на форуме Music Managers Forum в честь своего менеджера Тони Смита. Большинство участников были вовлечены в работу над двумя архивными бокс-сетами.

2006 — настоящее время

После большого количества слухов о воссоединении Бэнкс, Коллинз и Резерфорд 7 ноября 2006 года объявили о концертном туре Turn It On Again: The Tour, почти через сорок лет после основания группы. Тур намечался на лето 2007 года, он должен был пройти по 12 странам Европы, а затем переместиться в Северную Америку. Участники трио желали объединиться также и Гэбриэлом и Хаккетом для концертного представления The Lamb Lies Down on Broadway. Хотя Гэбриэл в принципе был не против, он не смог уложиться в график. Коллинз позднее говорил, что «Питер несколько излишне осторожен насчёт возврата к чему-то, что изначально замышлялось как развлечение». Хаккет принял приглашение, но без Гэбриэла Фил, Тони и Майк решили, что более приемлемо будет вернуть Честера Томпсона и Дэрила Стюрмера. Хаккет, тем не менее, до сих пор поддерживает хорошие отношения с остальными участниками. Небольшая заметка о его добрых пожеланиях затее с воссоединением опубликована на его веб-сайте. В свою очередь и Стюрмер, и Томпсон вернулись на правах музыкантов сопровождения.

Группа и её продюсер Ник Дэвис переиздали весь свой каталог в трёх томах в течение 2007 года. Каждый том содержит треть альбомов группы (начиная с Trespass, заканчивая Calling All Stations) в виде бокс-сета. Каждый бокс-сет состоит из многоканальных гибридных дисков с дорожками Super Audio CD, а также DVD-Video со звуком DTS 96/24 и Dolby Digital 5.1. DVD-диски содержат различные дополнительные материалы, такие как промо-клипы, концертные выступления и новые интервью, в которых группа обсуждает период, когда создавался каждый альбом.