• Своим сюжетом Doom 3 опровергает всё, что происходило в двух предыдущих частях Doom.
• На высшем уровне сложности здоровье героя постепенно снижается до 25 единиц. И будет снижаться, даже если он вылечится на медицинской станции. Кроме того, в игре исчезают все аптечки. Однако у игрока с самого начала игры есть Куб душ, что даёт возможность поправлять здоровье за счёт монстров в течение всей игры.
• Оружие из альфа-версии игры несколько отличается от того, которое присутствует в полной.

Пасхальные яйца и шутки разработчиков

• В одном из КПК, встречающихся во время прохождения, можно найти так называемое «нигерийское письмо».
• Если на игровом автомате (который установлен на кухне Марс-сити) набрать 25 000 очков, то от отдела кадров вам придет письмо с поздравлениями насчет нового рекорда, а также оповещение о том, что раз уж вы так хорошо отдохнули за игрой, то ваша зарплата будет понижена, или о сокращении вашего отпуска.
• На самом первом уровне игры на кухне по телевизору если читать бегущую строку, можно прочитать о победителях «QuakeCon 74».
• Одна из древних табличек на Марсе — это не что иное, как обложка первой части игры Doom, только изображение зеркально развёрнуто, а вместо дробовика герой держит Куб душ.
• Если написать в консоли игры какие-нибудь чит-коды из первых двух частей Doom, то система в консоли напишет: «Ваша память вас не подводит» (Your memory serves you well).
• В финальном уровне можно отыскать секретную комнату с логотипом id, и там подобрать последний КПК с записями благодарностей от разработчиков игры.

• В начале игры (в Марс Сити) можно найти секретаря, что-то напряжённо печатающего на своём компьютере (он выдает вам КПК). Если подойти к нему, то можно увидеть запись как он пишет отчёт о своей работе, а в конце приписывает: «Этот новобранец (подразумевая игрока) невероятный хам, он встал прямо за мной и читает всё, что я печатаю. Достал!».
• Если нажать кнопку «Выход» в главном меню, а затем навести курсор на кнопку «Да», то в нижнем левом углу экрана будет написано «Драпаешь, да?». А если нажать «Нет», то там будет написано «Игрок решил поубивать ещё немного».
• В игре присутствует несколько латинских фраз. Самый яркий эпизод расположен в начале уровня Communications Transfer. Слышны удары в дверь, при попытке подойти к которой сквозь дверь прорывается огромный червь. Вместе с этим звучит «Metus, dolor, mors ac formidines» («Страх, боль, смерть и ужас»). Сам червь больше нигде не встречается.

• В игре есть КПК одного из работников комплекса — Джона Смита. В нём есть аудиофайл «Отчёт о происшествиях». В нём Смит рассказывает, как один из рабочих чинил оборудование. Перед этим он отключил его, но прибор сам по себе включился и раздробил механику руку по локоть. Смит говорит, что этот прибор до сих пор работает, но выключить его никто не может. Это — отсылка к короткому рассказу Стивена Кинга «Давилка», в котором одному из механиков также оторвало руку.

Исходный код

16 ноября 2011 года Джон Кармак опубликовал в своем твиттере сообщение о том, что публикации движка игры мешает патент Creative Labs и пообещал исправить код, чтобы устранить претензии. Исходный код игры был опубликован 23 ноября на сайте GitHub и на FTP-сервере id Software под лицензией GPLv3. Игровые данные (карты, текстуры, звуки и т. д.) распространяются по отдельному пользовательскому соглашению.