Авторство основных идей по-прежнему принадлежит геймдизайнеру Сакагути, например, это именно он придумал назвать воздушные войска королевства Барон «Красными крыльями». Сакагути отвечал за всю концепцию в целом, тогда как Токита планировал конкретные события сюжета и рисовал пиксельную графику. Молодой дизайнер отмечал, что работать приходилось с большим напряжением, и без предельной концентрации им никогда бы не удалось довести этот проект до конца. По словам Токиты, Final Fantasy IV разрабатывалась с той мыслью, чтобы заимствовать наиболее удачные идеи предыдущих частей: профессии Final Fantasy III и повествовательность Final Fantasy II. Четыре босса, соответствующие четырём традиционным японским стихиям и ставшие впоследствии своеобразным символом четвёртой части, присутствовали ещё в самой первой игре. Также наблюдается существенное влияние конкурентной серии Dragon Quest, в особенности Dragon Quest II. Главная задумка на сюжет Final Fantasy IV заключалась в «движении от тьмы к свету», что проявилось в образе Сесила, и акценте на семейных и дружеских отношениях между большим количеством разнородных личностей. Кроме всего прочего, явно проступает идея о том, что «одна грубая сила ничего не решает». Токита считает четвёртую часть первой поистине драматической игрой в серии и первой японской ролевой игрой с «настолько глубокими персонажами и сюжетом».

Изначальный сценарий получился слишком большим и не удовлетворял вместимости картриджей, поэтому его в спешном порядке пришлось сокращать. Токита отмечал, тем не менее, что были убраны только «лишние диалоги», тогда как все ключевые для сюжета события остались нетронутыми. При этом позже он признался, что некоторые элементы получились «неясными» или «недостаточно проработанными», оставаясь таковыми вплоть до будущих переизданий для других приставок. К примеру, с самого начала они собирались включить в игру сложное подземелье, открывающееся ближе к концу прохождения, где для каждого героя было бы своё отдельное испытание. В итоге на это подземелье не хватило ни времени, ни вместимости, а появилось оно только спустя 14 лет в версии для Game Boy Advance под названием «Лунные руины». Благодаря переходу на более производительную консоль художник Амано получил возможность создавать более детализированные по сравнению с предыдущими частями иллюстрации, чётче выражать индивидуальность того или иного персонажа.

Музыкальное сопровождение

Написанием музыки традиционно занимался композитор Уэмацу. Процесс создания саундтрека он назвал мучительным, сопровождавшимся большим количеством проб и ошибок, отметив также, что команда, отвечающая за музыку, несколько суток безвылазно провела в офисе Square, ночуя в спальных мешках. Музыкальный ряд удостоился положительных отзывов, рецензенты хвалили прежде всего высокое качество звучания композиций, достигнутое вопреки техническим ограничениям. «Тема любви» оказалась настолько удачной, что попала в программу общеобразовательных японских школ. До сих пор многие дорожки, присутствующие в игре, Уэмацу исполняет на различных своих концертах.

В Японии были выпущены три альбома с музыкой из игры. 14 июня 1991 года вышел полный оригинальный саундтрек Final Fantasy IV: Original Sound Version, содержащий все 44 звуковые дорожки. За ним 24 октября последовал альбом Final Fantasy IV: Celtic Moon, на котором избранные композиции представлены в аранжировках, навеянных кельтскими мотивами. Третий альбом, изданный 21 апреля 1992 года под названием Final Fantasy IV Piano Collections, представляет собой набор мелодий в исполнении Тосиюки Мори соло на фортепиано. Данный релиз дал начало целой серии альбомов Piano Collections, каждая последующая часть Final Fantasy имеет в своей дискографии подобный акустический сборник. Многие песни позже включались в различные музыкальные компиляции Square, например, созданная Нобуо Уэмацу рок-группа The Black Mages записала для одного из своих альбомов «Тему Зеромуса», вокальная версия «Темы любви» попала в сборник Final Fantasy: Pray. Песни часто исполняются на живых выступлениях, посвящённых музыке из видеоигр, и присутствуют в сопутствующих концертных альбомах. В частности, «Красные крылья», «Тема любви» и «Заключительная тема» в 1991 году звучали в исполнении Токийского филармонического оркестра. Для гастрольного тура Distant Worlds — Music from Final Fantasy «Тему любви» сыграл Королевский стокгольмский оркестр, песни состояли в сет-листе серии выступлений Tour de Japon: Music from Final Fantasy, где исполнялись Новым японским филармоническим оркестром. Несколько ремиксов выпустила независимая, но официально лицензированная группа Project Majestic Mix, которая специализируется на микшировании музыки из игр. Некоторые композиции появлялись в различных фанатских додзин-альбомах, неоднократно фигурировали на многочисленных сборниках кавер-версий тематических сайтов вроде OverClocked ReMix.