Нехватка денег приведёт к тому, что все объекты, которые находятся в открытом космосе, начнут терять очки жизни (HP = Hit Points). Если экономический упадок будет продолжаться достаточно долго, то со временем обороноспособность сильно снизится, поскольку даже большие космические флотилии будут обладать малым количеством НР и могут быть легко уничтожены противником. Также нехватка денег приведёт к тому, что на планетах перестанут действовать все построенные ранее сооружения.

Научные исследования

В отличие от большинства стратегических игр, в Hegemonia: Legions of Iron огромный упор сделан на исследования. Экран исследований доступен по клавише F5 в любой момент (за исключением скриптовых роликов на движке игры). Количество доступных исследований таково, что изучить все проекты за одну кампанию попросту невозможно. Это связано с тем, что в каждой миссии выдаётся ограниченное количество так называемых исследовательских очков (RP = Research Points). Данное ограничение заставляет игрока очень тщательно подходить к процессу научных исследований и призывает его концентрироваться только на отдельных ветках исследований.

Помимо RP, для исследований требуются деньги. Как правило, чем больше пользы от исследования, тем дороже оно стоит. Сумма, которая требуется на исследования, показывается при удерживании левой кнопки мыши на нужной разработке в дереве технологий (доступ к дереву технологий можно получить, кликнув левой кнопкой мыши в центре экрана по вращающейся эмблеме выбранного направления разработок на экране исследований). Если у игрока достаточно RP и денег, то он может начать разработку проекта. В этом случае 50 % населения каждой планеты будет снято с производственных проектов и отправлено на исследования (при желании можно вручную указать распределение населения между производством и исследованиями). Чем больше общее население всех планет, принадлежащих игроку, тем быстрее исследуются проекты.

Каждое направление для исследований имеет три уровня: Базовый, Продвинутый и Превосходный (Basic, Advanced, Superior). Доступность этих уровней определяется по ходу кампании. Например, можно исследовать базовое протонное оружие и все улучшения к нему в первых миссиях, но пункт продвинутого протонного оружия так и не появится. Переход на новый уровень хоть и занимает много времени и RP, но зато даёт возможность улучшать те параметры и характеристики, которые были исследованы на предыдущем уровне. Практически для каждого исследования дано краткое описание, которое даёт возможность чётко понять что это такое и принять нужное решение (исследовать или не исследовать). Доступные направления для исследований перечислены ниже.

Корабельные технологии (ShipTech) — Разработка базовых корпусов для различных типов кораблей, включая боевые и специальные корабли, а также улучшение некоторых параметров, касающихся всех кораблей без исключения (скорость ремонта, зона действия радара и т. п.).

Корабельное снаряжение (Ship Equipment) — Список дополнительных технологий, которые расширяют технические возможности многих кораблей (например, мощность брони, двигателей и энергетических щитов). В Ship Equipment также можно более глубоко исследовать некоторые из технологий, которые представлены в ShipTech. К таким относится зона действия радаров и точность стрельбы. Здесь же разрабатывается система противоракетной защиты.

Квантовое \ Протонное \ Ионное \ Ракетное вооружение (Quantum \ Proton \ Ion \ Missile) — Для каждого оружия выделено своё направление для исследований. Несмотря на схожие названия научных проектов, исследования проводятся независимо друг от друга и эффекты усиления и улучшения характеристик одного вида оружия никак не пересекаются с другим оружием. Для каждого типа оружия можно разработать сверхтяжелые орудия, которые можно устанавливать на низкой орбите планет для их защиты от атак из космоса.