Некоторое время спустя Роксас впадает в кому, так как Намине начала менять память Соры в Chain of Memories и просыпается только через несколько недель, когда Аксель возвращается в Мир, которого никогда не было и докладывает, что все члены Организации, что были с ним, убиты. Ксион сильно привязывается к Роксасу и Акселю, и каждый день после миссий они втроём едят мороженое со вкусом морской соли, сидя на башне Сумеречного города. После неудачной попытки убить Рику Ксион также впадает в кому. Проснувшись, Ксион начинает задаваться вопросами о своём существовании и отдаляется от своих друзей Роксаса и Акселя. Вскоре она узнаёт, что она — несовершенный клон Роксаса, созданный из воспоминаний Соры наподобие клона Рику из Chain of Memories, и что её создал Ксемнас на случай, если Роксас не сможет добывать сердца для Организации. Именно Ксион своим существованием мешала спящему в Замке Забвения Соре восстановить свои утраченные воспоминания. Рику встречается с Ксион и просит её слиться с Сорой обратно. Ксион впадает в смятение: она не знает, остаться ли ей с Роксасом и Акселем или же слиться с Сорой. Наконец, она решается покинуть Организацию, так как её сила начала расти, а сила Роксаса, наоборот, резко уменьшилась.

Аксель, поняв, что же мучит Ксион, позволяет ей уйти, но в результате ухудшаются его отношения с Роксасом. Роксас, узнав от Ксемнаса о том, кто такая Ксион на самом деле, спрашивает у Акселя, является ли он также клоном. Не получив ответа, Роксас также покидает Организацию, чтобы найти правду о самом себе. В Сумеречном городе Роксас встречает Ксион, которую изменил Ксемнас: он заставил её поглощать воспоминания Соры, а затем поглотить Роксаса. Не осознавая своих действий, Ксион нападает на Роксаса, но тот её побеждает. Ксион умирает на руках у Роксаса, к ней вернулось сознание. Перед смертью Ксион говорит, что не жалеет о прожитой жизни, так как она встретилась с Роксасом и Акселем, говорит Роксасу, что Организация XIII на самом деле — злодеи, и просит его остановить Ксемнаса и уничтожить собранное Королевство Сердец. Тело Ксион исчезает, и она становится частью воспоминаний Соры. После смерти Ксион воспоминания о ней у других начинают исчезать, но Роксас всё ещё помнит просьбу Ксион и возвращается в Мир, которого никогда не было. В нём Роксас встречает Рику, который побеждает его, воспользовавшись Тьмой, в результате чего Рику приобретает облик Ансема Искателя Тьмы, осколок сердца которого всё ещё находится внутри Рику. Рику ловит Роксаса и отдаёт его ДиЗу, а ДиЗ стирает Роксасу все его воспоминания, и помещает в виртуальную копию Сумеречного Города, чтобы впоследствии заставить его слиться с Сорой.

История разработки

Изначально Номура, создатель серии Kingdom Hearts, во время разработки Kingdom Hearts II хотел сделать файтинг по мотивам данной серии, однако впоследствии решил, что заставлять диснеевских персонажей драться друг с другом — не такая уж и хорошая идея, и решил реализовать идею непосредственно файтинга в виде Dissidia Final Fantasy, а многие изначальные идеи, в частности, многопользовательская игра и её особенности, положили начало Kingdom Hearts 358/2 Days. В 2007 году Номура выразил интерес в разработке игры серии для портативной игровой консоли, и сообщил, что намерен изменить игровой процесс в данной игре. 358/2 Days была анонсирована одновременно с Birth by Sleep и coded на игровой выставке Tokyo Game Show. Первый трейлер был показан на закрытом показе в кинотеатре, где было запрещено фотографировать. В декабре 2007 года на выставке Jump Festa 2008 и на выставке DKΣ3713 в августе 2008 года были показаны другие трейлеры, также на выставках можно было опробовать демо-версию.