В эпилоге «Extended Cut» идёт повествование от лица адмирала Хаккета, рассказывающего о светлом будущем, которое ожидает Галактику после победы над Жнецами (в хорошей концовке), где так же есть намёк на выживание Шепарда (Тали, Эшли, Гаррус, Кайден или Лиара (зависит от прохождения) в отличие от других концовок не кладут на пьедестал табличку с именем Шепарда, плюс сами разработчики на это намекнули на одной из выставок2013). В плохой концовке Хаккет на борту вышедшего из строя космического корабля, дрейфующего в космосе, выражает надежду, что немногочисленные выжившие сумеют восстановить разрушенный мир и не забудут о страшной цене, которую пришлось заплатить.

Контроль: Шепард покидает материальную оболочку, интегрируя свой разум в Цитадель и беря управление жнецами под свой контроль. Горн выпускает синий луч, который не наносит повреждений Цитадели, но повреждает ретрансляторы. Если процент готовности собранных игроком войск не достаточно велик, то Горн наносит обитаемым мира Галактики большой ущерб, но их жители останутся невредимы.

В эпилоге «Extended Cut» повествование ведётся от лица Шепарда, который стал новым Катализатором. Жнецы, подчиняясь его приказам, помогают восстановить разрушенное, в том числе и ретрансляторы. Шепард во главе армии Жнецов становится хранителем мира в Галактике. В зависимости от линии поведения Шепарда на протяжении всех трёх частей он обещает либо стать стражем для многих (герой), либо уничтожить всех, кто будет угрожать будущему многих (отступник).

Синтез: Эта концовка доступна только в случае высокого процента готовности галактики. Шепард бросается в энергетический луч Горна, чтобы преобразовать всю жизнь в галактике в новую сеть ДНК, объединяющую как органиков, так и синтетиков. По словам Катализатора, при этом выборе будет достигнута вершина эволюции, а цикл будет завершен. Горн выпускает зелёный луч, который повреждает Цитадель и ретрансляторы. В процессе передачи кода уничтожаются все ретрансляторы. Сам Шепард, очевидно, погибает, поскольку для синтеза необходима ДНК органического существа.

В эпилоге «Extended Cut» повествование ведётся от лица СУЗИ, которая рассказывает о наступившей утопии. Жнецы делятся своими колоссальными знаниями и помогают восстанавливать разрушенное. Также упоминается, что жертва Шепарда никогда не будет забыта.

Отказ (добавлена в DLC «Extended Cut»): Капитан Шепард либо отказывается выбрать из вышеуказанных 3 способов, либо стреляет в Катализатор. Катализатор исчезает, а Шепард остаётся на Цитадели, беспомощно глядя, как перестает действовать Горн и уничтожается объединённый флот Галактики. Цикл продолжается.

В эпилоге показывается сообщение Лиары об угрозе Жнецов, спрятанное глубоко под землёй. После титров следует ролик с женщиной и ребёнком. Из их диалога выясняется, что сообщения Лиары не пропали даром — в следующем Цикле Жнецов удалось победить.

Всего в игре 8 вариантов концовки, и зависят они не только от выбора, но и от количества боеспособного флота и от того, убьёт ли Призрак адмирала Андерсона, или нет.

Скандал вокруг концовки игры

Несмотря на сугубо положительные отзывы критиков, многие фанаты остались недовольны концовкой игры. В частности, критикующими отмечалась неубедительность мотивации главного антагониста, наличие большого количества логических несостыковок в повествовании, почти полное отсутствие влияния выбора игрока на концовку. Недовольство вылилось в ряд скандалов и акций протеста. Одну из них организовал пользователь BioWare Social Network — LoganKey. Акция заключалась в посылке кексов трёх разных цветов, но с одинаковым вкусом в офис студии Bioware в Эдмонтоне. Акция проходит под соответствующим девизом: «Неважно, какой цвет выбирать, вкус у всех одинаков».