• Мерил Сильвербёрг (Meryl Silverburgh) — племянница (возможно, дочь) полковника Кэмпбелла. С детства мечтала стать солдатом и была большой поклонницей FOXHOUND и Солида Снейка. Случайно оказалась на Shadow Moses в момент захвата базы, отказалась присоединиться к террористам и была заключена в тюремную камеру. Обладает хорошей физической подготовкой и великолепной реакцией, пытается казаться опытным солдатом, но, до событий MGS, никогда не стреляла в живых людей. В игре является своеобразным напарником Снейка.

• Киборг-Ниндзя/Грей Фокс (Gray Fox, серый лис) — лучший оперативник FOXHOUND, единственный, имевший в кодовом имени слово «fox». В Zanzibar Land присоединился к Биг Боссу и был вынужден противостоять своему старому другу Солиду Снейку. Погиб в сражении на минном поле. Вскоре его тело было восстановлено и заключено в экзоскелет, благодаря чему приобрело огромную силу и ловкость. Все эти операции проводились на Shadow Moses. Фактически Грей Фокс получил второе рождение, но единственной целью его существования стала встреча со Снейком. В некоторых местах проявляется приступы психоза, связанные с прошлым. В качестве оружия использует особую, высокотехнологичную версию катаны, которой способен отбивать пули. В игре является противником Снейка, но в конце отдаёт за него жизнь.

• Хэл «Отакон» Эммерих (Hal «Otacon» Emmerich) — главный конструктор Metal Gear REX, заблуждающийся относительно возможностей применения своего детища. Любит аниме, отсюда его прозвище, и многие идеи для своих проектов берёт именно оттуда. Труслив и не способен к лидерству, но отзывчив и умен. Отличный хакер. Симпатизирует Снайперу Вулф (Sniper Wolf) после короткого знакомства. Помогает Снейку после встречи, оказывая ему поддержку по кодеку.

FOXHOUND

• Ликвид Снейк (Liquid Snake, жидкий змей) — генетический брат Солида Снейка, главный злодей. Полевой командир террористов, жестокий и расчётливый максималист.
• Револьвер Оцелот (Revolver Ocelot, револьвер-оцелот) — также известен как Шалашаска (Shalashaska). Правая рука Ликвида Снейка, специалист по допросам, нередко убивающий свою жертву. В прошлом был связан с СССР, но после крушения коммунистического режима стал наёмником, затем присоединившись к FOXHOUND. Фанатик огнестрельного оружия, предпочитает револьверы. Большой любитель вестернов — носит ковбойские сапоги со шпорами.
• Снайпер Вульф (Sniper Wolf, снайпер-волк) — снайпер FOXHOUND, по национальности — курд. В отличие от остальных снайперов работает в одиночку, часто используя успокоительное. Боготворит Биг Босса. Хладнокровная убийца, зацикленная на своей жертве. Подкармливает волков, живущих на Shadow Moses.
• Псайко Мэнтис (Psycho Mantis, психо-богомол) — самый могущественный экстрасенс в мире, ранее работавший на КГБ и ФБР. Обладает способностями к телекинезу и телепатии, кроме того, может предсказывать будущее, левитировать и контролировать волю других людей. Очень слаб физически.
• Вулкан Рейвен (Vulcan Raven, Вулкан-ворон) — огромный шаман-эскимос, специализирующийся на тяжелом вооружении. В прошлом тоже являлся сторонником Биг Босса. Профессор Аляскинского Университета, обладает сверхъестественными возможностями.
• Дикой Октопус (Decoy Octopus, приманка-спрут) — самый загадочный член FOXHOUND. Эксперт по маскировке и перевоплощению, способен буквально превращаться в нужного человека, причём копируется практически все, начиная от голоса и заканчивая составом крови.