Попутно на Дикой территории Меченый может помочь учёным отбить атаку наёмников на их вертолёт и вывести профессора Круглова к Янтарю. По приходу на Янтарь, Меченый отправляется к учёным. Их глава профессор Сахаров рассказывает о разработке устройства защиты от пси-излучения, но оно требует настройки. С Кругловым или с Семёновым, если Круглов погибает до этого, Меченый отправляется делать замеры.

По пути уничтожая нескольких зомбированных сталкеров они приходят к месту замеров, вдруг начинается выброс. Меченый и его напарник падают на землю.

Видя затемнение, Меченый слышит диалог двух людей в своей голове(предположительно о Стрелке).

Сделав замеры Меченый и его напарник возвращаются в бункер, где они докладывают об увиденном, после этого получает прототип.

Также Сахаров говорит, что им давно известно о лаборатории. За неделю до этого Призрак и их сотрудник Васильев, который занимался этой лабораторией, отправились на поиски. Через несколько часов излучение временно пропало, а ещё через час поступил сигнал с болот от Васильева, а потом исчез. По всей видимости, он мёртв. Васильев имел информацию о местоположении лаборатории. Меченый отправляется на его поиски. Найдя тело Васильева и узнав местоположение лаборатории, он проникает внутрь и отключает установку, представляющую собой гигантский мозг.

Меченый теряет сознание и видит второй сон:

Очнувшись, Меченый встречается с Контролёром и находит тело Призрака с нужными документами. Призрак является тем человеком, чья фотография приложена к заданию убить Стрелка. Меченый понимает, что произошла какая-то ошибка. В голосовой записи Призрака говорится о Докторе — том самом общем друге и о Проводнике, знающего об его местоположении. Меченый выбирается из лаборатории по тоннелям и отправляется в Бар, в это время военные зачищают территорию завода с воздуха.

Отключение Выжигателя мозгов

Бармен, изучив документы, поручает Меченому, имеющему пси-защиту, проникнуть в лабораторию Х-10 (X-19) под антеннами «Выжигателя» и отключить его. Он также договорился с руководством «Долга» о доступе на их базу, где становятся доступными несколько заданий. Путь к Радару лежит через Армейские склады — последнюю обжитую территорию Зоны. Здесь игрок может поучаствовать в локальной войне «Долга» и «Свободы», защитить Барьер и посетить деревню кровососов.

Вся локация Радар контролируется группировкой «Монолит». На всём пути к лаборатории на героя будет воздействовать сильное пси-излучение, мир потеряет краски и станет серо-коричневым. Попутно его будут атаковать фанатики, зомбированные сталкеры и фантомные образования. Можно сократить путь и пройти через Мёртвый лес, где водятся практически все существа Зоны.

Попав в лабораторию, Меченый отключает установку и видит очередной сон:

Очнувшись, он слышит зов Монолита в голове. На обратном пути ему приходится преодолевать сопротивление монолитовцев и военных. Вышедший на связь Бармен сообщает о крупномасштабном прорыве к центру Зоны, на окраине Припяти Меченого будет ждать отряд сталкеров. На пути туда Меченый становится свидетелем столкновения «Свободы» и «Долга».

Условие истинных концовок

С момента обнаружения Призрака до перехода на ЧАЭС, игрок может отправиться на Кордон, где находится Проводник. Тот указывает местонахождение Доктора — тайник Стрелка. При встрече Доктор рассказывает о том, что Меченый и есть Стрелок и предостерегает от приближения к Монолиту. Также он даёт наводку на тайник в Припяти, где спрятан декодер от некой двери, обнаруженной Стрелком во время предыдущих походов. Этот эпизод является условием выполнения истинных концовок.