Что повлекло за собой иной момент нового становления традиции андерграунда и переосмысления опыта такового в другом качестве — теперь уже не от генерального запрета сверху — как это было прежде в советские времена, где идеологическая монополия как консервативно-охранительная реальность, с её враждебным отношением к новому, имела внятный для художника идейный смысл, создавая для него ясную альтернативу — приспосабливаться или — нет, возведя статус отвергаемого официальной политикой в искусстве, культуре в некое творческое кредо.

Но было ли это выбором: оказавшись вне-официальным, художник автоматически становился гонимым, и годы уходили на то, чтобы власти попросту перестали мешать, а коллеги и институты- начали признавать.

Теперь же новая реальность, словно бы позволявшая делать выбор, но на самом деле отказывающаяся от искусства во всех его видах, кроме самого массового, банального развлекательного и потребляемого как продукт ширпотреба вообще — вынуждала самого художника сделать выбор.

Но теперь — уже сознательного отказа участвовать в новом хаосе и не приспосабливаться к циничной конъюнктуре; и занять позицию критическую и противоположную новым реалиям музыкального отечественного бизнеса, зарождавшегося ещё в конце 1980-х и так бурно набиравшего (финансовые) обороты, что не осталось времени на выработку идеалов и вкусов, каких бы то ни было, кроме неразборчивой, порой и просто непрофессиональной спекуляции на довольно низком уровне массовой музыкальной культуры.

Кроме того, с ранними 90-ми годами двадцатого века совпадает приход модной массовой популярной волны, охватившей весь мир и докатившейся и до нас, сугубо развлекательной рейв дискотечной музыкальной индустрии, которая всё больше становилась синонимом самого понятия «электронная музыка»; что положения не облегчало.

Отвергнув эту конформистскую модель исключительно прикладного предназначения развлекательной электроной музыки, композитор продолжает отстаивать собственные идеалы и следовать по пути современного искусства, в традиции открытий, сделанных им самим в 70-х и 80-х, и прогрессивных направлений интеллектуальной музыкальной международной сцены.

В период 1990-х Чекалин записывает немало альбомов; иногда выступает с весьма критическими публицистическими интервью в прессе и изредка на телевидении(ТВ программы 90-х — «Под Знаком Пи» 1991; «Музыка не для всех»: 1993; «Кафе Обломов» 1994; «Программа А» 1995)…

В 1995 году М. Чекалин выпускает двойной CD альбом под названием «Нонконформист», снабдив его, вместо обычных liner notes в буклете к диску, публицистическим эссе… Альбом включает несколько специально написанных треков, рефлексирующих на новые модные тенденции, в частности — два хардкоровских рейв-трека («Чекалин — крупнейший российский композитор-электронщик с негромким, но мировым именем..<> Поп-музыку Михаил писал или шутки ради, или с легкой неприязнью к объекту сочинения, препарируя и синтезируя ее примерно с теми же настроениями и целями, что ученый в лаборатории, исследующий дохлую лягушку Поскольку Михаил Чекалин — очень талантливый человек, с ненавистью и сарказмом он пишет поп- и данс-музыку значительно лучше и интереснее, чем масса иных авторов — с любовью и рвением. Замечательный альбом для ума и сердца, созданный одним из великих ненужных художников современной России». «Нонконформист» (1996) А. Троицкий, «Плейбой», январь 1997)