Неожиданный успех мгновенно превратил Red Hot Chili Peppers в звезд рока. Фрушанте был ошеломлен неожиданной славой и изо всех сил старался справиться с этим. Сразу же после выхода альбома в нём начало расти недовольство в популярности группы и начал нарастать конфликт между ним и Кидисом. Кидис вспоминает, что они с Фрущанте привыкли вступать в горячие споры после концертов: «Джон постоянно говорил, что мы слишком популярны. Я не хочу быть на этом уровне успеха. Мы должны гордиться тем, что мы играем музыку в клубах, как вы, ребята, делали это два года назад.» Последние выступления с Фрущанте были хаосом. Он не был связан с группой и часто играл не те партии, что западало глубоко под кожу Кидису. В тайне от остальных, Фрущанте снова пристрастился к наркотикам, а также перестал общаться со всеми, кроме своей девушки. Он резко покинул группу за пару часов до выступления во время тура Blood Sugar Japanese в 1992 году. Музыканты протянули руку Дейву Наварро, который только что ушёл из из Jane’s Addiction, однако он был слишком увлечен своими битвами с наркотиками. Группа репетировала с Зандером Шлоссом, однако спустя какое-то время, они поняли, что он не в лучшей форме. Гитарист Арик Маршалл заменил Фрущанте и группа возглавила фестиваль Lollapalooza в 1992 году. Маршалл также появится в видео «Breaking the Girl», «If You Have to Ask» и в конце 4 сезона Симпсонов, «Krusty Gets Kancelled».

В сентябре 1992 года, Peppers сыграли «Give It Away» на MTV Video Music Awards. Группа была номинирована семь раз, включая «Видео года» (которое они проиграли). Однако они взяли три номинации, включая «Выбор зрителей». 24 февраля 1993 года, группа вместе с Джорджем Клинтоном и P.Funk All-Stars и Weapon of Choice исполнили «Give It Away» на церемонии вручения премии Грэмми, песню, которая выиграла первую статуэтку Грэмми в истории группы. Это выступление означало окончание Blood Sugar Sex Magik тура и было последним выступлением Маршалла с группой. Музыканты планировали продолжать играть в том же составе с Маршаллом. Однако все быстро меняется, и он уже не вписывался в их будущие планы. На его место был нанят Джесси Тобиас, основатель группы Mother Tongue. Однако его пребывание в группе не продлились долго. Группа решила провести открытые прослушивания, которые стали огромным беспорядком. Фли предложил вернуть Дейва Наварро и в этот раз он согласился и снова был готов играть.

One Hot Minute (1993—1997)

Наварро впервые появился на сцене вместе с группой на Woodstock '94. Музыканты открывали шоу в огромных светящихся и довольно опасно отделанных металлом костюмах, что делало практически невозможной игру на инструментах. Наварро ненавидел эту идею, но смирился с ней. На выступлении группа впервые исполнила такие песни, как «Warped», «Aeroplane» и «Pea», однако песни были на первом этапе, поэтому тексты были далеки от конечных вариантов. После выступления на Woodstock группа отправилась в короткий тур, в ходе которого они сыграли на разогреве у The Rolling Stones. По словам Кидиса, однако, это было ужасно. Хотя внешне все проблемы должны были быть решены, отношения между основными участниками группы и Наварро стали ухудшаться. Его музыкальные основы усложняли совместную игру группы, и это оставалось проблемой до конца года. Наварро говорил, что ему наплевать на фанк и джем. Кидис тем временем боролся с наркотической зависимостью; ему пришлось пройти стоматологическую процедуру, в которой использовался валиум, как успокоительное. Это снова вызвало в нём тягу к наркотикам. Однако группа какое-то время находилась в неведении возобновившейся наркотической зависимости.