Большая часть проектов Заппы остановила своё развитие в 1990 году, когда Фрэнку был поставлен диагноз — рак простаты последней стадии. Опухоль незаметно развивалась в течение десяти лет, операция которой в 1991 году стала невозможной. После постановки диагноза Заппа тратил большую часть своей энергии на работы для синклавира и оркестра. Незадолго до своей смерти в 1993 году Заппа закончил свою важную работу на синклавире под названием Civilization, Phaze III (Civilization, Phaze III), которую начал ещё в 1980 году.

В 1991 году Заппа был выбран в качестве одного из четырёх главных композиторов эпохи на Франкфуртском фестивале музыки в 1992 году (другими тремя композиторами стали Джон Кейдж, Карлхайнц Штокхаузен и Александра Кнайфель). К Заппе обратился Немецкий камерный оркестр Ensemble Modern (Ensemble Modern), который был заинтересован в исполнении его музыки для этого события. Несмотря на болезнь, Заппа пригласил оркестр в Лос-Анджелес для репетиции новых композиций и новых аранжировок старого материала. Довольный исполнением своей музыки, Заппа вместе с музыкантами также преуспели на концертах в Германии и Австрии, которые были запланированы на осень. В сентябре 1992 года концерты проходили как положено, однако Заппа по причине болезни смог появиться только на двух во Франкфурте. На первом концерте он дирижировал оркестром во время исполнения композиций Overture, G-Spot Tornado, Food Gathering in Post-Industrial America, 1992 и Welcome to the United States (всю остальную часть концерта дирижировал Петр Рундель (Peter Rundel)). После концерта Заппе устроили двадцатиминутную овацию. Этот концерт станет последним публичным профессиональным выступлением, так как рак распространился до такой степени, что заболевание вызывало слишком сильную боль, чтобы насладиться событием, которое, не иначе, Фрэнк назвал «волнующим». Запись этого концерта появилась в 1993 году на альбоме The Yellow Shark, ставший последним музыкальным релизом Заппы в своей жизни, а материалы студийных репетиций появились в 1999 году на посмертной пластинке Everything Is Healing Nicely (Everything Is Healing Nicely).

В субботу 4 декабря 1993 года Фрэнк Заппа скончался в своём доме, в окружении его жены и детей. На следующий день во время прохождения закрытой церемонии прощания с музыкантом Заппа был похоронен на Вествудском кладбище Лос-Анджелеса рядом с будущей могилой актёра Лю Айреса (Lew Ayres). В понедельник 6 декабря семья публично заявила, что «Фрэнк Заппа отправился в свой последний тур около шести часов вечера в субботу».

Наследие

Признание и почести

Заппа получил широкое признание среди критиков. В книге The Rolling Stone Album Guide писалось, что «Фрэнк Заппа фактически плескался во всех жанрах музыки, независимо от того, был ли он сатирическим рокером, джаз-фьюжн исполнителем, гитаристом-виртуозом, электронным волшебником или оркестровым новатором — его эксцентричная гениальность была неоспоримой». Хотя работы музыканта черпали вдохновение из самых разных жанров, Заппа создавал композициям целостность и самовыражение. В 1971 году биограф Дэвид Уолли отметил, что «вся структура его музыки была единой, а не чётко разделенными по датам и временам последовательностями, которые собраны в одной композиции». Комментируя музыку, политическую деятельность и философию Заппы, в 2004 году Barry Miles отметил, что эти понятия неразрывно связаны друг с другом: «Это была всего одна часть всей его концептуальной непрерывности».

Журнал Guitar Player в 1992 году посвятил специальный выпуск Заппе, на обложке которого был вопрос: «Был ли Фрэнк Заппа лучшим хранителем музыкальных секретов Америки?». Редактор Дон Мэнн отметил, что выпуск был о «наиболее важном композиторе, ушедшем из современной популярной музыки». Среди этих композиторов был музыковед Николай Слонимский, который провёл премьерные исполнения произведений Чарльза Айвза и Эдгара Вареза в 30-х годах. Он познакомился с Заппой в 80-х годах и сказал: «Я восхищаюсь всем тем, что Фрэнк делает, потому что он фактически создал новое музыкальное тысячелетие. Он делает красивую работу … Это удача, что я дожил до появления этого совершенно нового типа музыки». Дирижёр Кент Нагано отметил в том же номере, что «Фрэнк — гений. Это слово я нечасто использую … В случае Фрэнка оно не очень сильное … Он был очень грамотным человеком в музыкальном плане. Я не уверен, что широкая общественность знала это». Пьер Булез заявил в статье журнала Musician (magazine), что «Заппа был необыкновенной личностью, потому что он был частью мира классической музыки и рока, и хочется, чтобы выжили оба жанра». Многие ученики признали Фрэнка Заппу одним из самых влиятельных композиторов своего поколения. Как гитарист, Заппа ценится очень высоко.