Каждый уровень представлен одной неделимой локацией. После окончания текущего уровня идёт загрузка следующего. Внутри самих уровней загрузок нет, так как подгрузка игровых данных осуществляется динамически. В каждом уровне есть несколько глав. Главы привязаны, в основном, не к конкретным частям уровня, а к развитию сюжета. Таким образом, игрок может пересечь весь уровень, однако пока он не выполнит некоторое «сюжетное» задание, смена главы не произойдёт.

Contact (Контакт)

Начало игры. Высадка осуществляется с борта военно-грузового самолёта на парашютах с высоты в 8 тысяч метров над землёй. Однако она проходит не слишком гладко, ещё в воздухе группа «Хищник» сталкивается с неопознанным летающим объектом и беспорядочно приземляется по побережью. Ацтек приземляется в рощу и, запутавшись стропами парашюта в ветках, просит о помощи. Номад, выживший при падении в воду, и Шут отправляются его спасать. Внезапно джунгли прорезает резкий звук криков, выстрелов и странных механических звуков. Выйдя к их источнику, Номад и Шут обнаруживают четырёх мёртвых корейцев и мёртвого Ацтека, повисшего на стропах парашюта. Пророк дистанционно активирует самоликвидацию нанокостюма Ацтека, дабы не дать корейцам исследовать нанокостюм и перехватить технологию. Позже бойцы отряда «Хищник» находят корабль «Lusca’s Call», покрытый льдом и находящийся в нескольких километрах от ближайшего водоема. Там на группу нападает боевой робот инопланетян, хватает Шута и уносит его с собой.

Recovery (Восстановление)

Оставшиеся бойцы отряда находят изувеченное тело Шута недалеко от корабля и лагеря корейцев. Ещё возле замороженного корабля становится известно о существовании некого раскопа, где работала экспедиция, и о том, что одного заложника держат в деревне, занятой войсками, неподалёку. Номад с Психом пробираются в деревню и освобождают заложницу. Заложница, девушка азиатской внешности, оказывается агентом ЦРУ и рассказывает, что они не посылали сигнала с судна «Lusca’s Call»; более того, она вообще не знает, что с ним случилось. Также она рассказывает о смерти одного из членов экспедиции (Бадовски — позже игрок находит его вмёрзший труп в джунглях) и подтверждает, что остальных держат на раскопке. Псих отправляется сопровождать заложницу в зону эвакуации, а Пророк с Номадом идут к раскопу.

Relic (Реликт)

По дороге к пункту назначения совершается очередное нападение инопланетного робота, который утаскивает Пророка в неизвестном направлении. Номад считает его погибшим и сообщает об этом в штаб, а сам продолжает выполнять задание под руководством майора Стриклэнда. По прибытии на раскопки он находит лишь одного доктора Розенталя, продолжающего изучать «Артефакт», который является точной копией того инопланетного робота, который напал на отряд «Хищник». Доктор Розенталь по сеансу видеосвязи пытается убедить генерала Кхона (командующего корейскими войсками на острове) не совершать поспешных действий относительно «Храма». Однако тот, ссылаясь на усилившееся внимание США к данному делу, приказывает увеличить скорость работ. Номаду же Розенталь сообщает о том, что остальные члены экспедиции находятся на работах в «Храме». Внезапно «Артефакт» оживает, загорается ярко-синим свечением и включает систему самоуничтожения, в результате которой всё главное помещение раскопа резко охлаждается почти до температуры абсолютного нуля. Доктор Розенталь погибает, а Номада спасает его нанокостюм.