Между тем в Мезоамерику хлынули испанцы, по выражению Д. Тедлока имевшие в своём распоряжении «более чем надежные средства убеждения — огнестрельное оружие, пыточные клещи и угрозу вечного проклятия». Для завоевания государства Киче Кортесом был направлен отряд под руководством Педро де Альварадо. Индейцы киче отчаянно сопротивлялись испанцам и их союзникам из Тлашкалы, но в трех сражениях на горных перевалах они были наголову разбиты. Оставалась возможность откупиться от завоевателей, которой попытались воспользоваться вожди 7 Олень и 9 Собака, пригласившие Альварадо в свою столицу и вынужденно устроившие ему пышный прием. Но какими бы ни были их планы, им не суждено было воплотиться в жизнь, так как едва оказавшись со своим отрядом в столице, Альварадо приказал взять под стражу обоих вождей, обвиняя их в попытке подстроить ему ловушку. 7 Олень и 9 Собака закончили жизнь на костре, Утатлан превратился в столицу испанской Гватемалы. Наступала новая эпоха.

Проблема первоисточника

Все без исключения майяские документы, относящиеся ко временам, следующим за конкистой, выполнены алфавитным письмом на европейской бумаге. Однако вопрос был ли у алфавитного «Пополь-Вух», переписанного падре Хименесом, некий протоисточник, возможно, записанный иероглифическим письмом, остаётся открытым до сих пор.

Историю записи «Пополь-Вух» следует начать с того, что сразу после конкисты колониальным правительством было инициировано гонение на древнюю индейскую культуру, в которой не было места ни испанцам, ни католической церкви. Пусть в Гватемале, в отличие от Юкатана, не было специально организованной кампании по уничтожению индейских кодексов, под запретом оказалось старинное индейское искусство tz’ib' иными словами «искусство орнамента» или своеобразного «письма», котороым индейские женщины издавна украшали тканые изделия. По орнаменту на одежде, например, безошибочно можно было определить племенную принадлежность, родословную и даже имя ткача (или ткачихи) и хозяина готового платья. Кроме того, были запрещены публичные выступления сказителей, музыкантов, актеров, использовавших в своем репертуаре старинные предания. Любой «языческий» документ мог быть немедленно уничтожен, а его переписчик, исполнитель или даже слушатель подвергнуться суровому наказанию.

Превалирующая в современной науке точка зрения состоит в том, что никакого «протоисточника», как то иероглифического кодекса, соответствовавшего по содержанию алфавитному «Пополь-Вух», никогда не существовало; в то время как манускрипт падре Хименеса представляет собой запись устной традиции, сделанную группой людей, помнившей наизусть древние предания (а также использовавшую технику чтения по мнемонической записи, хорошо известную, например, для австралийского континента). Доказательства, приводимые специалистами, придерживающимися подобного мнения, сводятся к следующему:

В тексте падре Хименеса действительно упоминается некая книга «Пополь-Вух», о пропаже которой скорбят безымянные авторы. Однако упомянута она в следующем контексте:

Из чего становится ясным, что речь шла о т. н. «пророческом альманахе» — кодексе, где записывались результаты гаданий для каждого дня на определенный период времени. Примером такого альманаха служат книги Чилам-Балам. Подобные книги назывались у майя ilb’al retal q’ij то есть «инструмент для ясновидения», тот же термин прилагался к зеркалам или магическим кристаллам, использовавшимся для гадания, в то время как читатель или толкователь подобной книги именовался ilol, то есть «видящий». Подобные альманахи действительно были в ходу вплоть до начала XVIII века, их упоминает, в частности, падре Хименес, говоря что «язычники» используют их для предсказаний. Однако алфавитный «Пополь-Вух» содержит в себе эпос, но никак не результаты гаданий, то есть речь несомненно идет о совершенно разных по содержанию документах, совпадающих лишь по именованию, данному притом позднейшим исследователем.