WonderSwan Color

Игра вышла более чем через 10 лет после оригинала на более современной платформе, что, естественно, повлекло за собой значительные изменения. Эта версия издавалась только в Японии, как и сама WonderSwan Color.

• Полностью перерисована графика, хотя разрешение экрана в этой версии меньше, чем в какой-либо другой, 16-битная палитра полностью преображает игру. Изображения монстров напоминают своих прототипов из NES-версии, но прорисованы значительно более детально, персонажи также подверглись редизайну. В целом, визуальное оформление игры напоминает о версиях Final Fantasy на SNES.
• В игру было внесено несколько новых мелодий — новая прелюдия в начале, несколько тем для боссов и некоторые другие. Их качество было подтянуто до возможностей платформы.
• Был обновлён дизайн боевого меню, оно стало располагаться внизу, как в более поздних сериях игры. Были добавлены помещения в магазины (ранее меню покупки выдавалось сразу при входе в здание), текстовая информация в бою была заменена графической — статусы и урон показывались в виде пиктограм и чисел соответственно. Персонажей и их противников больше не разделяла рамка.
• Особенность с неперенаправляемыми ударами стала опциональной, можно было отключить её, и тогда, если удар персонажа приходился по уже убитому монстру, он автоматически перенаправлялся на другого. Добавлена возможность бегать, перемещаясь в два раза быстрее; магическая система в целом осталась прежней, но заклинания стало можно «забывать», чтобы разучивать новые.
• Полностью переработана система вещей: в оригинальной версии они хранились у каждого персонажа по отдельности, в этой версии инвентарь — общий. Кроме того предметы LIFE и SOFT стало можно использовать в бою, статус молчания (Mute) перестал запрещать использовать вещи в битве.
• В игру вошло множество дополнительных сценок, вроде постройки моста в Корнелии (Cornelia), диалоги NPC были расширены за счёт возможности WonderSwan Color выводить несколько экранов текста в отличие от NES.
• Большинство багов было исправлено, неправильно работающие заклинания и магические предметы стали работать нормально, портал (Warp) стал работать по другому, перенося партию на предыдущий посещённый этаж, а не на более близкий к выходу.
• Возросло до восьми число слотов для сохранения, в то время как в оригинале был доступен только один. Также было добавлено обычное для мобильных консолей быстрое сохранение, воспользоваться им можно было в любое время за исключением битвы, но после первой загрузки оно стиралось.
• Изменения в организации вещей и исправленные заклинания сделали игру легче, поэтому у ряда монстров и боссов было увеличено число HP, в отдельных случаях в два раза.

PlayStation

Версия для PlayStation, в целом, базируется на римейке для WonderSwan Color, и большая часть изменений осталась, но, в том числе, и за счёт технологического превосходства PlayStation, в игру внесли и другие улучшения, в основном это касается графического и звукового оформления. За пределами Японии игра издавалась вместе с римейком Final Fantasy II под названием Final Fantasy Origins — это первая версия оригинальной игры, которая официально продавалась в Европе и Австралии.