В Metal Gear Solid 2 был улучшен искусственный интеллект охранников, которые в отличие от оригинальной Metal Gear Solid работают в группах. Увидев игрока, они по радио вызывают подкрепление, затем пытаются окружить его, чтобы предотвратить возможность побега; сами они стараются уклониться от атак игрока. Штурмовые отряды часто снабжены бронежилетами и щитам, что делает их серьёзной угрозой. Даже если игроку удастся спрятаться, враги тщательно проверят местность. В игре у врагов присутствует коллективный искусственный интеллект — охранники работают в группах, могут связываться друг с другом по рации, более реалистично реагируют на действия игрока. Игровой искусственный интеллект признавался одним из лучших в течение нескольких лет.

В игре также была улучшена система укрытий. Главный герой теперь способен не только укрыться за стеной или другим подходящим объектом, но и выскочить из-за угла и открыть огонь по противникам; враги тоже способны укрываться от игрока. Сделав это, они обычно вызывают подмогу, а во время боя ведут оттуда стрельбу и вслепую бросают гранаты. В игре задействована механика лазерного целеуказателя, помогающего целиться; подобное свойство есть в играх WinBack и Resident Evil 4. В боях с боссами необходимо найти такую стратегию, которая позволит обойти вражескую защиту и нанести урон. При этом основным отличием от типичных экшн-игр является то, что всю игру возможно пройти, не убив ни одного противника, а используя только транквилизаторы, оглушающие гранаты и рукопашные приёмы.

Сюжет

Персонажи

Главный герой игры MGS2 — молодой агент по имени Райден. По радио ему оказывают поддержку его командир полковник Рой Кэмпбелл и Розмари, девушка Райдена. В течение миссии к Райдену присоединяются младший лейтенант подразделения SEAL Ирокез Плискин, помогающий герою ориентироваться в зданиях завода; Питер Стиллман, эксперт по обезвреживанию бомб из полицейского департамента Нью-Йорка; Отакон, эксперт по компьютерной безопасности; и киборг-ниндзя, сильно напоминающий Грей Фокса, но именующий себя Мистер Икс.

В качестве антагонистов выступает террористическая группировка «Сыны Свободы», захватившая очистительный завод Биг Шелл. В группировку входит антитеррористическое подразделение «Dead Cell» и русские наёмники. Члены «Dead Cell»:

• Вамп (Vamp), бессмертный вампир.
• Фетмен (Fatman), толстяк, владеющий обширными познаниями в области взрывного дела.
• Фортуна (Fortune), женщина, сверхъестественным способом обманывающая смерть.

Лидер Сынов Свободы именует себя Солидом Снейком, который считался погибшим в результате атаки террористов; но позднее выясняется, что его зовут Солидус Снейк, и он — третий клон Биг Босса, созданный в рамках проекта «Les Enfants Terribles». Террористам помогают Ольга Гурлюкович, командир отряда русских наёмников, и Револьвер Оцелот, русский националист и бывший член FOXHOUND. Он один из давних врагов Солида Снейка.

Остальные персонажи:

• Эмма Эммерих, сводная сестра Отакона и компьютерный гений.
• Сергей Гурлюкович, бывший начальник Оцелота, отец Ольги.
• Президент Джеймс Джонсон, взятый террористами в заложники.
• Ричард Эймс, оперативник РУМО.

В игре вновь появляется Солид Снейк, а также Ликвид Снейк, проявляющий себя через тело Оцелота, так как тот, потеряв в прошлой игре правую руку, пересадил себе руку Ликвида. Главным антагонистом является Солидус Снейк.