Райден просыпается в комнате для пыток и видит Солидуса Снейка. Тот признаётся, что усыновил Райдена во время войны в Либерии, и Райден теперь агент Патриотов. После этого Солидус покидает комнату, а Ольга освобождает Райдена, сказав, что она тоже двойной агент Патриотов и Сынов Свободы, и что Патриоты шантажом заставили её помогать Райдену.

Райден двигается дальше, а тем временем полковник по радио начинает вести себя странно и давать ложные указания. Вскоре становится очевидно, что «полковник», отдававший Райдену приказы, является частью суперкомпьютера GW, а частично загруженный вирус повредил систему. Райден встречает Снейка, а затем эти двое сталкиваются с Фортуной. Снейк принимает бой, а Райден отправляется искать Солидуса. Главный герой вступает в схватку с 25-ю машинами типа Metal Gear RAY, охраняющими Arsenal Gear. Ольга пытается помочь, но её убивает Солидус. Неожиданно роботы RAY дают сбой и помимо Райдена атакуют ещё и друг друга. Оцелот сообщает, что тоже является агентом Патриотов, и что миссия на Биг Шелл была чётко спланированной попыткой восстановить ход событий инцидента Шедоу Мозес с целью создать солдата (Райдена) такого же уровня, как и Снейк. Оцелот убивает Фортуну, но вскоре снова становится одержим Ликвидом. Ликвид говорит, что намеревается свергнуть Патриотов. Он запускает Arsenal Gear на столкновение с Нью-Йорком, а затем берёт одну из машин RAY и уплывает; Солид Снейк бросается за ним в погоню.

Arsenal Gear врезается в центр Манхэттена, Райден и Солидус оказываются на крыше здания Федерал-холл. Солидус пытается убить Райдена в надежде завладеть его наномашинами, уничтожить Патриотов и основать нацию «Сыны Свободы». С Райденом на связь выходит другой искусственный интеллект, представившийся представителем Патриотов. Он объясняет, что истинной причиной симуляции была проверка того, как достоверно они смогут изобразить человеческое поведение. Райден вынужден уничтожить Солидуса, так как Патриоты грозятся убить ребёнка Ольги и Розу, если он этого не сделает. После гибели Солидуса появляется Снейк и сообщает, что он поместил устройство слежения на машине Ликвида. Снейк и Отакон собираются отправиться в погоню, чтобы получить информацию о Патриотах, которая находится на диске с вирусом. Райден наконец-то воссоединяется с Розой, это происходит 30 апреля 2009 года — в годовщину их первой встречи.

В эпилоге Отакон обсуждает со Снейком способы расшифровки диска, содержащего личные данные всех двенадцати членов высшего совета Патриотов. Однако тут выясняется, что все они уже мертвы, причём умерли они «почти 100 лет назад».

Разработка

Проектная документация игры была завершена в январе 1999 года; через несколько лет она была опубликована, а в 2006 году переведена на английский язык. В ней упоминалось, что первоначальное название игры было Metal Gear Solid III, что символизировало три самых высоких небоскрёба в Манхэттене и Райдена, «которого можно с лёгкостью принять за женщину». В документе описывается новая игровая механика и особенности игрового процесса: тела, которые нужно прятать, способность врагов замечать тени, источники света, уничтожение которых приведёт к снижению вражеского поля видимости, реалистичный искусственный интеллект. Описаны темы воспоминаний, энвайронментализма, а также некоторые другие темы: «высокие технологии в военной индустрии», виртуальная симуляция, «высокие технологии в тактическом планировании», «высокие технологии в повседневной жизни» и «влияние высоких технологий на человека». В документе сказано, что по ходу сюжета будет иметь место «череда предательств и неожиданных поворотов, и игрок не сможет отличить правду от вымысла» (в отличие от «очень ясной и понятной истории» предшествующей игры), «каждый персонаж врёт или предаёт кого-либо другого, стирается грань между реальностью и фантазией, а все шутки направлены на цифровые технологии и игровую культуру». На разработку игры было выделено 10 млн. долларов .