Изменения в сюжете

Согласно документации Metal Gear Saga Vol. 1, в первоначальном варианте сюжета игра разворачивалась во время проверок ядерного оружия в Ираке и Иране; Солид Снейк пытается в ограниченный период времени уничтожить Metal Gear, расположенный на авианосце, и остановить Ликвида Снейка и его группу. Однако через шесть месяцев после начала проекта политическая ситуация на Среднем Востоке обострилась, и разработчики решили изменить сюжет. При этом в окончательной версии игры эпизод в танкере основан именно на первоначальном сюжете.

В MGS2 присутствовали отсылки к роману City of Glass из трилогии The New York Trilogy, проявлявшиеся преимущественно в именах персонажей. Первоначально персонажей из группы поддержки Райдена планировалось назвать: полковник Даниэль Куинн; Максин «Макс» Уорк, девушка азиатского происхождения, которая сохраняет игру и цитирует Уильяма Шекспира; Уильям «Док» Вильсон, создатель GW. Все имена принадлежали ключевым персонажам книги, а сами они первоначально были продуктами искусственного интеллекта. Но ни один из них в окончательную версию игры не вошёл — в игре помощь главному герою оказывают полковник Кэмпбелл, Роза и Эмма Эммерих. И всё же имя Питера Стиллмана было заимствовано у персонажа из книги City of Glass. Кодзима также сослался на роман Kangaroo Notebook автора Абэ, оказавший влияние на сюжет игры.

Первоначально планировалось, что одним из злодеев в игре будет персонаж по прозвищу «Китаец», но позднее он был выведен из сценария, а его способности ходить по стенам и воде достались Вампу. Движения Китайца были смоделированы c Джета Ли, на его теле была татуировка, которая оживала при погружении в воду.

На позднем этапе разработки были сделаны существенные корректировки в окончании игры, что было связано с террористическими актами 11 сентября. Эпизод, в котором Arsenal Gear смещает Статую Свободы и разбивается в Манхэттене, был вырезан, равно как и короткая сцена после титров, где Статую Свободы закладывают в новом месте на острове Эллис. В момент смерти Солидуса Райден должен был перерезать верёвку на флагштоке Федерал-Холл, чтобы американский флаг накрыл тело Солидуса, однако все американские флаги, которые должны были быть на зданиях Нью-Йорка, были убраны. Позднее Кодзима пояснил, что имя «Райден» было написано на кандзи, а не на катакане, так как его произношение на японском языке напоминало имя Бен Ладена.

Музыка

О выборе композитора для создания игровой музыки публика узнала в преддверии выхода игры. Кодзима после просмотра кинофильма Убийцы на замену вместе со звукорежиссёром проекта Кадзуки Мураокой пригласил на эту должность Гарри Грегсон-Уильямса, голливудского композитора из студии Ханса Циммера. Микстейп с 18-ю звуковыми дорожками от Уильямса был прослушан звукорежиссёром, и вскоре сам Уильямс, польщённый вниманием к его произведению, присоединился к проекту.

Грегсон-Уильямс создал переделанную версию оригинальной темы «Metal Gear Solid Main Theme» для использования в открывающей заставке. Хибино, ранее уже участвовавший в создании игр Konami (например, Metal Gear: Ghost Babel), отвечал за всю внутриигровую музыку. Он также участвовал в создании большинства внутриигровых сцен и в создании ремикса «Main Theme».

Как и в случае с Metal Gear Solid, внутриигровое видео включало в себя отрывки оркестровой и хоровой музыки. Саундтрек игры содержал также и музыку в жанре эмбиент. В игре, по сравнению с предшественницей, присутствует больше элементов электронной музыки (в частности брейкбит). Муранака занималась созданием закрывающей темы — джазовой композиции под названием «Can't Say Goodbye to Yesterday», прозвучавшей в исполнении Карлы Уайт. Впоследствии музыка из игры была выпущена на 4-х дисках: Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty Original Soundtrack, Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty Soundtrack 2: The Other Side, Metal Gear Solid 2: Substance Limited Sorter (Black Edition) и Metal Gear Solid 2: Substance Ultimate Sorter (White Edition).