В игре также фигурируют Мэй Линг, эксперт по коммуникациям из предыдущей игры, и Джонни Сасаки, солдат-неудачник, имеющий вечные проблемы с пищеварением.

История

Танкер

Игра Sons of Liberty начинается в 2007 году, через два года после инцидента на Шедоу Мозес. Солид Снейк, заручившись поддержкой Отакона (теперь они оба являются членами неправительственной организации «Филантропия»), выслеживает новые Metal Gear — не имеет значения, кто ими владеет и для каких целей они построены: если такое оружие появляется в мире, его лучше уничтожить. Взломав сайт Пентагона, Отакон узнает об очередной версии роботанка, транспортируемого на военном танкере. Снейку нужно получить лишь подтверждение того, что Metal Gear существует, — впрочем, аккурат в тот момент, когда он пробирается на корабль, его захватывают русские террористы. Перед Снейком стоит задача сделать фотографии новой модели, имеющей кодовое название Metal Gear RAY. На судно проникают Револьвер Оцелот и Сергей Гурлюкович. Вскоре Оцелот предательски убивает Сергея. Выясняется, что Оцелот пересадил себе руку покойного Ликвида Снейка, в результате чего у него начинается раздвоение личности — Ликвид Снейк проявляет себя через тело Оцелота. Оцелот топит танкер вместе со Снейком, а затем бежит, забрав с собой новый Metal Gear.

Завод

Дальнейшие события игры разворачиваются спустя два года. Теперь игрок выступает в роли Райдена, новичка FOXHOUND, которого Рой Кэмпбелл отправляет с заданием на очистительный завод Биг Шелл. Главному герою поручено освободить заложников, в числе которых оказался президент США, от террористической группы «Сыны Свободы» (чей лидер именует себя Солидом Снейком), к которой присоединился бывший антитеррористический отряд «Dead Cell». Посланный на завод отряд SEAL практически полностью уничтожен Вампом и Фортуной, выживает только Ирокез Плискин. Райден и Плискин объединяют усилия, к ним также присоединяется эксперт-взрывотехник Питер Стиллман, готовый обезвредить заложенные на заводе бомбы (которые заложил бывший ученик Стиллмана Фетмен). Райден успешно расправляется с Фетменом, однако Стиллман погибает, попав в одну из ловушек последнего.

Таинственный киборг-ниндзя, назвавшийся Мистером Иксом, рассказывает Райдену о человеке по имени Эймс, которому известно, где содержится президент. Однако Эймс умирает от сердечного приступа, а Райдена обнаруживает Оцелот. Тем временем выясняется, что лидер Сынов Свободы — на самом деле Солидус Снейк. Плискин говорит Райдену, что он Солид Снейк, и при поддержке Отакона помогает ему в поисках президента. Райден проникает вглубь завода и обнаруживает президента Джонсона. Президент сообщает главному герою, что Биг Шелл на самом деле является прикрытием для нового Metal Gear. Известное как Arsenal Gear, это оружие обладает развитым искусственным интеллектом под названием «GW» и способно контролировать передачу цифровой информации. Президент также заявляет о том, что вся американская демократия — всего лишь фикция, а на самом деле Соединёнными Штатами правят члены тайной организации «Патриотов». Вскоре после объяснений президента убивает Оцелот. Райден идёт дальше, чтобы уничтожить Arsenal Gear и предотвратить ядерный удар. Снейк и конструктор Arsenal Gear Эмма Эммерих (сестра Отакона) помогают Райдену загрузить вирус в систему GW, но процесс прерывается, когда Эмму убивает Вамп. Отакон бежит вместе со всеми выжившими заложниками, а тем временем появляется Мистер Икс, под личиной которого скрывалась Ольга Гурлюкович, и захватывает Райдена.