Корабли землян

Доступные корабли делятся на два класса: построенные по земной технологии и по инопланетной. Те, что построены по земной технологии, требуют внесения ежемесячной арендной платы. Кораблям, построенным по инопланетной технологии, требуется элериум в качестве горючего, поэтому для их использования нужно своевременно пополнять его запасы.

• Interceptor (Перехватчик) — истребитель. Создан по лучшей доступной на Земле технологии. Два слота для установки оружия. Эффективен в начале игры, но в дальнейшем просто не может догнать бо́льшую часть НЛО и легко уничтожается крупными кораблями инопланетян.
• Skyranger (Небесный рейнджер) — десантный самолёт. Лучший доступный на Земле воздушный транспорт типа СВВП. Оружия нет. Летает достаточно медленно, поэтому, если планируется захватить НЛО при посадке — лучше высылать транспорт вместе с перехватчиком, иначе к моменту его прилёта НЛО уже улетит. Имеет самый большой запас топлива среди кораблей, самое лучшее средство для обнаружения баз противника.
• Firestorm (Огненный шторм) — первый доступный игроку истребитель, построенный по инопланетной технологии; выглядит тоже как «летающая тарелка». Два орудийных слота. При наличии достаточно мощного вооружения эффективен против большей части инопланетных кораблей.
• Lightning (Молния) — универсальный корабль с уклоном в сторону транспортной функции. Второй доступный игроку корабль, построенный по инопланетной технологии. Медленнее, чем Firestorm, имеет лишь одно место под оружие, однако может выступать в роли транспорта-перехватчика, хотя и не может перевозить мини-танки HWP из-за узкого люка.
• Avenger (Мститель) — универсальное средство, используемое как для воздушного боя, так и для высадки десанта. Вершина заимствования инопланетных технологий. Самый быстрый корабль в игре. Два слота под оружие; также способен нести больший десант, чем Skyranger. Данный корабль необходим для отправки экспедиции на Марс, так как это единственный корабль, способный к полётам в дальнем космосе.

Корабли пришельцев

• Small Scout (Малый разведчик) — очень маленький НЛО, классическая «летающая тарелка». Не имеет вооружения. При стрельбе по нему ракетами очень часто не сбивается, а полностью уничтожается.
• Medium Scout (Средний разведчик) — небольшой слабовооружённый разведчик. Также способен выполнять некоторые другие задачи.
• Large Scout (Большой разведчик) — немного больше чем средний разведчик, способный выполнять большинство миссий пришельцев. Представляет среднюю опасность для начальных перехватчиков.
• Abductor (Похититель) — средний НЛО, используется в основном Сектоидами и Летунами для похищения и экспериментов над людьми.
• Harvester (Сборщик) — средний НЛО с едой и хирургическим оборудованием пришельцев. Используется для похищения скота и еды. Обычно пилотируется Летунами.
• Supply Ship (Корабль поддержки) — крупногабаритный корабль для перевозки войск, продуктов питания, оборудования и других предметов.
• Terror Ship (Корабль террора) — большой НЛО, используется для десанта штурмовых групп и единиц террора в города и жилые районы.
• Battleship (Линкор) — очень большой тяжеловооружённый корабль, используется для запугивания населения Земли, нападения на базы X-COM, основания собственных баз пришельцев на Земле и ряда других целей. Сбить его трудно, но возможно даже на начальном этапе, если использовать дальнобойные ракеты и достаточное число перехватчиков.