При наличии достаточных средств игрок может построить и оборудовать до восьми баз.

Репутация

За свои успехи, игрок получает некоторое количество очков. Так, очки начисляются за уничтожение инопланетных кораблей и пришельцев, захват их артефактов и сохранение жизней мирных жителей во время антитеррористических миссий. При этом после убийства пришельца обычно остаётся его труп, за который даются дополнительные очки. Так как артефакты могут быть уничтожены взрывом или огнём, чрезмерное увлечение тяжёлым вооружением может привести к тому, что игрок получит меньшее число очков.

За ряд успехов пришельцев и промахов игрока очки снимаются. Так, игрок теряет очки в случае гибели своих оперативников, уничтожения HWP (Heavy Weapons Platforms — платформы тяжёлого вооружения, «танки»), кораблей и мирных жителей (особенно, если игрок сам случайно застрелит гражданского), и в случае успешного выполнения пришельцами своих миссий. При этом миссия террора пришельцев считается успешной, только если игрок не сбил НЛО и не вступил с пришельцами в наземный бой, или потерпел в нём поражение. Учет очков идёт отдельно для каждой страны и континента. Чем больше очков игрок получает в данной стране, тем более успешными считаются его действия и тем большую прибавку к финансированию от этой страны он получит, при условии что данная страна не заключила соглашения с пришельцами. Успех миссий, проводимых пришельцами на территориях, не принадлежащих финансирующим X-COM странам, снижает рейтинг на данном континенте. Если игрок несколько месяцев подряд будет получать в сумме отрицательное число очков — проект могут закрыть.

Технологии

В погоне за более высокими технологиями игрок нанимает учёных, строит им лаборатории, и вскоре получает оружие более сильное, чем земное — например, плазменное оружие или оружие, основанное на контролируемом ядерном синтезе. Помимо вооружения учёные разрабатывают броню для солдат, новые виды HWP и самолётов, исследуют найденные на месте крушений НЛО образцы инопланетных технологий, а также допрашивают пленных. Чтобы производить что-либо, нужны инженеры и мастерские, а также исходные материалы и деньги.

С помощью исследований, игрок может развить новые технологии, дающие ему новые возможности. Изначально доступны исследования медицинских комплектов, позволяющих оказывать первую помощь непосредственно во время боя; сканеры движения, позволяющие отслеживать движение на некотором расстоянии от солдата; лазерное оружие — более мощное и точное, чем доступное игроку изначально, а также не требующее боеприпасов. Однако по-настоящему эффективные технологии можно получить лишь изучая артефакты, захваченные в бою. Технологии пришельцев основаны на вымышленном 115-м элементе периодической таблицы Менделеева — элериуме, способном производить огромное количество энергии. Большая часть объектов, основанных на технологиях пришельцев, требует его либо на стадии производства (например, плазменное оружие), либо на стадии использования (например, корабли, основанные на технологии инопланетян, требуют элериум в качестве топлива). Это единственный объект в игре, который нельзя производить самостоятельно. Основной его источник — двигатели кораблей инопланетян и базы пришельцев. Таким образом, для использования большинства инопланетных технологий требуется регулярно захватывать НЛО, и, по возможности, неповреждёнными, так как двигатели обычно повреждаются в первую очередь.