Вскоре выясняется, что у инопланетян есть множество разновидностей, что они кооперируются, ведя одновременно несколько проектов, что практически все эти проекты опасны для землян, что инопланетяне превосходят землян в вооружении и в техническом обеспечении. Инопланетяне атакуют города, неся смерть и разрушение, строят свои базы и ведут подрывную деятельность в правительствах государств. Если же игрок будет преуспевать в своей миссии, инопланетяне попытаются найти и уничтожить его базы.

В процессе игры, в результате допросов пленных, вскрываются различные сведения о планах инопланетян. Игрок учится обнаруживать инопланетные базы, которые также расположены под землёй; строить системы ментальной дешифровки и защиты; владеть психическим оружием, позволяющим контролировать инопланетян. Инопланетные медики рассказывают о формах жизни инопланетян и их уязвимостях. Инопланетные механики и навигаторы рассказывают о различных видах НЛО. Инопланетные командиры при физическом воздействии на допросе рассказывают о ведущихся проектах инопланетян и об их истории.

Конец игры наступает тогда, когда допрошенный командир базы пришельцев раскрывает, где находится главная база инопланетян в Солнечной системе. Она оказывается скрытой под плато Кидония на Марсе — плато, сфотографированного аппаратом «Викинг 1» в 1976 году, на фотографиях которого видно образование в виде обращённого к небу человеческого лица и несколько пирамид, по своему внешнему виду напоминающих египетские (на самом деле это игра света и тени; никакого лица и пирамид на Марсе нет). Солдаты X-COM, с помощью разработанного на основе инопланетных технологий транспортного перехватчика системы «Avenger» («Мститель»), высаживаются в Кидонии, находят вход в базу, выполняют зачистку местности и уничтожают гигантский мозг, управлявший всеми действиями инопланетян.

Стратегический режим

Основным игровым экраном является интерактивная карта планеты Земля, называемая «Geoscape», в виде глобуса на фоне космоса, который свободно вращается игроком для обзора территории. На глобусе соответствующими метками отмечаются базы и корабли X-COM и пришельцев, а также (при достаточном приближении) города. Все города, отмеченные на карте, могут подвергнуться террористической атаке пришельцев, что стоит учитывать при размещении баз. При щелчке мышью на объекте на карте появляется меню возможных действий. Например, при щелчке по базе X-COM появляется список кораблей, при щелчке по кораблю появляются возможные для него приказы. Воздушные бои с НЛО так же проходят на этой карте.

Справа вверху находятся справочные и управляющие меню.
Intercept (Перехват) — список всех кораблей X-COM и их статус, щелчок по пункту меню позволит назначить задание кораблю.
Bases (Базы) — окно управления базами.
Graphs (Графики) — статистика активности инопланетян и X-COM.
UFOpaedia (Уфопедия, НЛОпедия) — внутриигровой справочник, в нём содержатся только уже исследованные материалы.
Options (Опции) — загрузка (доступна только из этого меню), сохранение, выход из игры.
Funding (Финансирование) — бюджет организации.

Ниже находится панель с текущей внутриигровой датой и временем. Течение времени можно ускорить (максимально до 1 суток в секунду) или замедлить (минимально до 5 секунд за одну), но нельзя остановить, хотя при включении других экранов управления оно всё же останавливается. В нижнем правом углу находится панель управления глобусом.