Предыстория

Действие начального игрового ролика, согласно клиническому журналу, поставляющемуся в комплекте с оригинальной игрой, происходит в 1863 году — через год после окончания событий, описанных в сказках Кэрролла. Главная героиня игры — Алиса. Однажды в комнате спящей Алисы, которой снится Страна чудес, случается пожар. Родители девочки погибают, сама она спасается, получив серьёзные ожоги и психические травмы. Вскоре она оказывается в психиатрической лечебнице Рутледж ({{lang-en|Rutledge Asylum}}), где проводит несколько лет. Лечение, оказываемое ей в Рутледже, поначалу не даёт эффекта — Алиса не реагирует ни на что происходящее вокруг, находясь в коме.

Действие игры происходит в восемнадцатилетнем возрасте Алисы, которая всё ещё находится в шоке, подавая признаки сознательной жизни, согласно журналу, лишь изредка. Лечащий врач проводит над Алисой эксперименты с целью вывести пациентку из комы. В начальном игровом ролике Алиса показана с игрушечным кроликом в руках, который внезапно начинает звать её на помощь. Девушка вновь оказывается в Стране Чудес, но уже обезображенной её больным разумом.

Действие игры

Крепость Дверей, Долина Слёз и Лес Чудес

Попав в Страну чудес, Алиса встречает Чеширского кота, изменившегося с её прошлого визита в Страну, как и всё вокруг. Кот предлагает девушке следовать за Кроликом, недавно побывавшим здесь. Идя по следам Кролика, Алиса узнаёт от обитателей Делириума — места, куда она попала, — о том, что Страну чудес держит в страхе Червонная Королева, и из-за неё Страна находится в упадке и унынии. Кролик, по их словам, пообещал им пригласить защитника, как оказалось, в лице Алисы.

Обитатели направляют главную героиню к Старому Гному, который может помочь ей в преследовании Кролика — а именно, в уменьшении её роста. Девушка встречается с Гномом и выполняет его просьбу, после чего они вдвоём летят в Крепость Дверей, ныне защищаемую Карточной Стражей Королевы и населённую детьми, сошедшими с ума. Алиса проходит стены Крепости и проникает в Мучилище, где под руководством Гнома ищет ингредиенты и готовит продукт для уменьшения роста, после чего успешно становится маленькой и перемещается в Долину Слёз, продолжая следование за Кроликом.

По пути Алиса встречает Черепаха с телячьей головой, чей панцирь украла Герцогиня. Черепаха соглашается помочь девушке в путешествии после того, как она вернёт существу панцирь. Алиса добирается до убежища Герцогини, которая не хочет добровольно отдавать украденное, а, напротив, как сама говорит, хочет съесть девушку. Алиса расправляется с Герцогиней и забирает панцирь, после чего отправляется с Черепахой в дальнейшее путешествие. Её новая цель — следуя за Кроликом, добраться до Гусеницы и поговорить с ней. Пройдя отрезок пути самостоятельно, Алиса встречается с Кроликом, который говорит, что Гусеница недалеко, приняв решение пожертвовать осторожностью ради скорости. Затем протагонистка наблюдает, как гигантский по сравнению с ними Шляпник, пересекающий поляну, раздавливает перебегающего Кролика. Погоревав о смерти Кролика и выслушав Чеширского кота, Алиса отправляется дальше и встречается с Гусеницей.

Гусеница объясняет Алисе, что Страна чудес в нынешнем виде — результат страданий главной героини:

Гусеница советует Алисе убить Червонную Королеву для достижения целостности Страны чудес. Для того, чтобы девушка вернулась к своему нормальному росту, Гусеница посылает её в Лес диких грибов, где Алисе следует откусить от Гриба жизни, охраняемого Сороконожкой. Главная героиня успешно достигает убежища Сороконожки и убивает её. Откусив от гриба, Алиса вырастает и поднимается на Плато Гусеницы.