Рикенбакер, палуба A (POD 1)

После проникновения на Рикенбакер герой получает от SHODAN новые указания. Во-первых, необходимо уничтожить 16 яиц аннелидов нового поколения, размещённых на Рикенбакере — SHODAN не может допустить распространения своих созданий. Во-вторых, требуется найти и переключить генератор искусственной гравитации для Палубы B (POD 2) с прямого режима на обратный — SHODAN мотивирует это диверсией. Кто-то настроил мезонный ускоритель в резонанс с человеческими шагами, в результате чего одно из колец ускорителя не выдержало и взорвалось, разрушив часть корабля. SHODAN предполагает, что то же самое может случиться и со вторым, а герой нужен SHODAN живым для завершения миссии.

Проплутав по множеству темных закоулков первой палубы, G65434-2 успешно справляется и с этими поручениями.

В процессе блуждания по палубе на связь выходит капитан Рикенбакера Диего, который сообщает о своем раскаянии и об избавлении от влияния Многих — хирургическим путём. Диего просит о встрече, назначая ее в лазарете на Палубе B, лифт к которой разблокирован после переключения генератора.

Рикенбакер, палуба B (POD 2)

Поднявшись на Палубу B, G65434-2 обнаруживает себя на потолке — работает обратный режим генератора искусственной гравитации. Добравшись до лазарета, герой обнаруживает труп Диего — капитан при переключении гравитации упал с операционного стола на потолок и погиб. На его теле солдат находит карту доступа в каюту капитана и сведения о некоем оружии, которое может помочь в борьбе со Многими. Герой следует далее к лифту на Палубу C.

Рикенбакер, палуба C (Мостик)

Добравшись до мостика, G65434-2 получает от SHODAN сведения, что разделить Рикенбакер и Фон Браун без уничтожения тела Многих не получится. Единственный способ избавиться от «связи» — уничтожить Мозг, управляющий телом Многих (после чего то распадется), а пробиться к Мозгу можно, только влетев в тело на спасательной капсуле Рикенбакера. Герой отправляется к капсуле и запускает ее.

Тело Многих

В теле Многих у G65434-2 две основные задачи: выжить (единственное сообщение SHODAN гласит, что помощи здесь ждать не от кого) и уничтожить Мозг, до которого ещё нужно добраться по извилистым внутренностям тела. После уничтожения Мозга на его месте открывается дыра, и герою больше некуда деваться, кроме как нырнуть в нее.

Киберпространство (Where Am I?)

Герой оказывается на мостике Рикенбакера и удостоверяется, что Тело Многих больше не окутывает корабли. Однако при попытке выйти с мостика обнаруживается некий проход, очень похожий на киберпространство в начале игры. Пройдя в него, солдат находит записи Делакруа, которые она ввела в первичный цикл данных SHODAN перед смертью. В них она объясняет, что SHODAN перевела Главный Двигатель в режим перегрузки не для того, что уничтожить корабль Фон Браун, а для того, чтобы изменить реальность, превратить её в киберпространство, в котором SHODAN сможет безраздельно властвовать. Главный герой был лишь пешкой, необходимой для того, чтобы уничтожить Многих — единственное препятствие этому.

Единственный способ предотвратить всё это — уничтожить SHODAN. Поэтому G65434-2 проходит по коридорам медицинского уровня станции Цитадель, воссозданного SHODAN, находит её саму и уничтожает.

Финал

В заключительном ролике, SHODAN пытается соблазнить солдата, обрисовывая возможности кибержизни, и предотвратить свою гибель, но этого ей не удаётся. После разрушения ИИ, герой оказывается на мостике Рикенбакера, на сей раз настоящем, и посылает сообщение, в котором сообщает о восстановлении контроля над кораблями. Казалось бы, всё закончилось.