Фон Браун, палуба 3, Hydroponics

Попав на Третью Палубу, G65434-2 узнаёт от доктора Полито, что аннелиды начали распространять свою биомассу по всему кораблю, и её наросты в шахте лифта не дают ему двигаться вверх. Решения этой проблемы Полито не видит и советует походить по палубе в надежде найти что-нибудь. Герой, последовав совету, через некоторое время натыкается на банку с непонятным веществом, Полито сообщает, что люди на корабле разработали токсин, безвредный для людей, но способный растворять аннелидную биомассу. Всё, что остаётся сделать — это найти ещё 3 банки, исследовать их, и вставить в климатические регуляторы. Всё это не оказывается непосильной задачей для солдата, поэтому, отчистив шахту лифта, он переправляется на Административную Палубу.

Фон Браун, палуба 4, Operations

Попав наконец на Палубу 4, герой узнаёт, что всё это время его вела не Полито, а SHODAN, воспользовавшаяся синтезатором голоса, чтобы завоевать доверие солдата. Своё спасение она объясняет блоком резервных данных, который находился в одной из Рощ, которая была отстрелена от станции Цитадель. В этой же Роще SHODAN производила эксперименты по выведению новой формы жизни, которая была названа позже аннелидами. По замыслу они должны были быть послушными рабами ИИ, однако вследствие того, что SHODAN длительное время не имела возможности влиять на них, аннелиды стали самостоятельными и восстали против своего создателя.

Для уничтожения Многих, SHODAN необходимо полностью подчинить себе корабль. Препятствием этому является КСЕРКС, поэтому его необходимо уничтожить. Первая фаза: перепрограммировать 3 устройства моделирования, используя чипы переопределения, сделанные хакером Маликом. Солдат с боем проходит по палубе, отнимает у киборгов чипы и вставляет каждый из них в соответствующее устройство. Это позволяет SHODAN частично проникнуть в системы КСЕРКСа и разблокировать проход на палубу 5 для финальной фазы.

Фон Браун, палуба 5, Recreational

Финальная фаза заключается в активации передатчика сигнала бедствия, что приведёт к утечке энергии от ядра КСЕРКСа и его полной нейтрализации. G65434-2 получает информацию о передатчике из аудиологов умерших членов экипажа о том, что передатчик активизируется путём ввода кода допуска, который очень хитро спрятан — в терминалах, демонстрирующих картины великих художников. Отыскав их все, солдат комбинирует цифры и включает передачу. Как и ожидалось, это наносит удар по КСЕРКСу и позволяет SHODAN получить контроль над кораблём, однако это не удаётся полностью — аннелидов стало слишком много. SHODAN не сообщает деталей и приказывает отправиться на Палубу Командования.

Фон Браун, палуба 6, Command

SHODAN сообщает, что уничтожить Многих можно только вместе со всем кораблём. Покинуть его можно на Рикенбакере, но перед этим SHODAN необходимо получить контроль над ним. Далее ИИ приказывает найти на мостике карту доступа к отсеку командования на Палубе 4. Герой выполняет всё необходимое для подготовки кораблей к разделению, по пути став свидетелем бегства в спасательной капсуле двух персонажей: Томми Суареса и Ребекки Сиддонс. После этого SHODAN приказывает спуститься на Инженерную Палубу и переключить Главный Двигатель в режим перегрузки. Это действие не укрывается от аннелидов: поняв, что им грозит опасность, они погружают приплод в грузовые шаттлы. Солдат разбирается с этой проблемой, взорвав оба шаттла. При этом он обнаруживает лог Делакруа, записанный перед её смертью, в котором она сообщает, что знает планы SHODAN, однако сообщение прерывается. Герою остаётся только перейти на Рикенбакер, и это удаётся после уничтожения Анатолия Коренечкина, вставшего на его пути.